要是有害菌增加了，就会造成菌群的失调，有害细菌分解代谢食物残渣和产生的有害毒素，使机体中毒，肠道就会出现不适。所以益生菌为人体肠道菌群的平衡起到了很大作用，那么合生元益生菌有什么副作用吗？
合生元益生菌的副作用一般也是没有的， 要是有的话，就是会有便秘的情况发生，也是看孩子的自身肠胃功能的。 这种益生菌可以提高免疫力，促进营养吸收可以维持健康胃肠的功能增强宝宝免疫力减轻，宝宝出现腹泻的症状。如果孩子本身不存在菌群失调的问题，就不应该给孩子长期服用这些产品。
但是如果长期吃的话会有影响，不利于宝宝的健康。 正常情况下，我们的生活坏境中充满了各种各样的有益菌和有害菌，宝宝的身体里也一样。所以对于发育中的正常孩子来说，完全没有必要额外补充益生菌。长期服用可能危害健康，如需补充益生菌最好要遵医嘱。益生菌是适合碱性环境的活菌，通过酸性的胃液，来到肠道中驻扎。这个过程中，大部分活菌已死，虽说宝宝胃肠液的PH值不及成人，但损害益生菌的能力还是很强。 因此，服用益生菌，属于一种“高投入、低产出”的做法。
益生菌可使胃肠道产生多种有机酸和消化酶，帮助宝宝吸收食物，增进食欲。产生的乳糖、醋酸等，可以增强宝宝的肠道蠕动，改善便秘。如果宝宝腹泻时服用可抑制有害菌生长繁殖，促进体内产生抗体IgA，减轻腹泻。益生菌有助于体内营养均衡，产生醋酸、乳酸和维生素(如B族)，促进宝宝的正常生长发育。
长期吃也分为长期保持每天吃益生菌的频率，以及长期保持偶尔吃益生菌的频率。长期保持偶尔吃一次的频率可能是半个月一次或者一个月一次，这样的话是完全没有问题的。不过若是长期保持每天都服用的频率，一般来说是不建议的。在平时，可根据宝宝的身体情况，通常是连续服用半个月到一个月左右的益生菌。如果宝宝的情况比较差，那么就需要连续吃更久的益生菌，但是也不建议连续吃超过三个月。如果超过三个月就算是长期连续吃益生菌了。
长期连续吃益生菌的话，宝宝的身体可能会对益生菌产生依赖，如果断了益生菌的话，宝宝肠胃的消化吸收功能就会下降。长期连续吃的话，还有可能会破坏宝宝的肠道菌群平衡。因此，如果宝宝吃了合生元益生菌，肠胃功能调整好了之后，就不用再吃益生菌了。