新农合跨年可以报销，一般住院3个月内的能报销，一年内第二次住院有最低起付线。
起付线的扣除方法这样规定的：同一年度，同一病种，在同一个医疗机构二次住院，起付线第二次降低一半；本年度第三次住院均在第一次的基础上降低一半。
新农合跨年报销流程：
1、符合基本医疗保险药品目录和新农合诊疗项目目录的门诊、住院医药费用纳入新农合报销范围。
2、下列医药费用不纳入新农合报销范围：
(一)应当从工伤保险基金中支付的;
(二)应当由第三人负担的;
(三)应当由公共卫生承担的;
(四)境外就医的；
（五）医药费用依法应当由第三人负担的，第三人不支付或者无法确定第三人的，由新农合基金先行支付。新农合基金支付后，有权向第三人追偿。
住院医药费用报销计算方法：
(一)每例住院患者医药总费用中首先剔除自费药品和自费诊疗项目费用，再减去起付费用，即为报销基数，报销基数再乘以相应定点医疗机构报销比例，即为新农合实际报销额；
(二)21类重特大疾病住院医药费用，经首次常规报销后，剩余医药费用(含住院起付费用和自费费用)从重特大疾病医疗保障基金中给予二次补助，常规首次报销和二次补助合计，即为新农合实际报销额；
(三)21类重特大疾病以外的其他大病住院医药费用经首次常规报销后，剩余医药费用(不含住院起付费用和自费费用)仍在3000元以上的，从重特大疾病医疗保障基金中给予二次补助，常规首次报销和二次补助合计，即为新农合实际报销额。