我和同事6月份入职公司，当时公司尚在筹备阶段，直至9月份才正式注册。由于公司在建设初期，所有人都忙于工作，再加上餐饮行业执照办理手续繁杂，迟迟没有批下来，所以员工社保的办理也一拖再拖。在这期间，有一部分同事自己买了社保，大部分同事都还没有。
现在公司运营已步入正轨，大家希望能够把之前未办理的社保补上。打电话到社保局咨询，才了解到：因为公司当时没有给员工办理用工登记，所以社保局无法为我们补交前几个月的社保，只有到劳动部门申请劳动仲裁，才能凭仲裁判决书去社保局办理养老保险的补交。
注：我们只是没有去劳动部门办理用工登记，但是劳动合同全部有签。
只是想补交社保，原以为很简单的一件事，却原来超出我们想象的复杂。
基本情况如上所述。想要了解的问题如下：
公司是新成立的企业，负责人和同事们倾注了所有的心血才使公司刚刚站稳脚跟，不知劳动仲裁是否会影响到公司的声誉？
劳动仲裁的基本程序为哪些？费用怎样收取？
除了劳动仲裁外，是否还有其他办法为员工补交社保？
有同事提出，将公司应承担的那部分费用以现金形式补偿到个人，这种做法是否合理？
公司将从本月份开始给每一位员工办理参保，因为个人承担的社保费影响到员工的实际工资，所以某些基层员工不愿办理，并认为公司在强迫员工参保，对于这种极不愿意参保的员工，是否能够遵循他们的意愿不参保？
以上，是本人无法解决的几个难题及问题的基本背景。望行业人士能够答疑解惑，给出专业意见。不甚感激！！
另，据说某些政策的实施在全国各地都不一样，本人所在地是广东珠海。
如您的答案能为小女子实际地解决问题，小女子绝不吝啬，一定高分奉送！！
谢谢大家的宝贵意见，真的长了不少见识。
还有几个补充问题，还是希望行业人士不吝赐教！
1、经过多方咨询并结合实际情况，及与员工代表的协商，公司决定以现金形式将补贴发放到个人，起计期为员工入职当月（是入职当月，不是公司注册的9月）。
请问，此项补贴应该随工资发放（如随工资发放势必会增加员工的个税负担）还是另行发放(该立什么名目）？需不需要员工签署确认函之类的文件？
2、本公司属餐饮连锁行业（类似麦当劳必胜客），基层员工流动性比较大，由于收入不甚稳定，对强制参保抵制强烈。听说麦当劳除管理组为正式员工外，基层员工的用工形式全部为兼职，麦当劳的基层员工也就没有社保限制。
请问，麦当劳的做法是否合法？
我公司是否也能套用麦当劳这种较为取巧的模式？
3、公司现在也聘用了几位兼职员工，有在校学生，也有兼职几处的专业兼职，在人事管理和劳资方面，有什么需要注意的事项？公司应该和兼职员工签订劳动合同么？还是兼职协议？
问题就是这些了，谢谢！！！