至隋代，我国医药学又有了显著的进步。隋炀帝时的著名医学家巢元方主持编撰的《诸病源候论》是标志性成果。巢元方曾任太医博士。他与同道奉隋炀帝之诏，在前人积累的大量资料的基础上，共同编撰了一部总结疾病的病因、病理、证候的医学基础理论巨著《诸病源候论》，这是我国历史上第一部系统论述病因证候的专著。
《诸病源候论》全书共50卷，分67门，载列证候1700余条，分别论述了内、外、妇、儿、五官等各科疾病的病因病理和证候，一般并不论述疾病的治疗，但也有很少一部分疾病讨论了诊断、预后，以及导引按摩、外科手术为主的一些治疗方法和步骤。
《诸病源候论》在我国医学上所取得的成就与贡献，突破了前人的病因学说。巢元方等在病因学说方面，有不少创造性见解，对有些疾病，突破了笼统的“三因”传统说法，丰富了祖国医学的病因学说。
《诸病源候论》虽然是探讨病因证候的专著，但也叙述了不少有关治疗创伤的外科手术方法和缝合理论等。这些创造性的成就，说明了我国外科手术治疗在继承汉晋以来所取得的成就的基础上，在隋代又有了新的进步，达到了更高的水平。