武十三年朱元璋在胡惟庸案之后废除中书省和丞相,将中书省职权归于六部,由天子直接掌管六部百司,结束了皇权与相权之争,而内阁也以天子秘书的身份登上了历史的舞台。 朱元璋的这个制度,相当于君主直接兼任宰相,君主专制达到了历史的顶峰。但是权力加大,也就意味着工作量也大大增加,于是就出现了内阁,分担帝王的工作量,内阁也就相当于帝王的私人秘书一样。
由于内阁的设立,明朝也形成了特殊的权力运行机制。通常,朝廷的重要文书先由内阁负责拟定几条意见,用笔墨写在票签上,然后与奏折一起呈送皇帝批准,这个过程便被称为票拟。而内阁便是实行“票拟制度”。皇帝再根据内阁拟定的意见进行最终决策,然后用红字进行批示,这被称为“批红”或“朱批”。内阁的“票拟”只是给皇帝提供参考意见,省却了皇帝查访和思考的过程,最终的执行命令是皇帝的“朱批”。
最初的内阁只是一群幕后工作者,没什么实权,但是这种情况在明仁宗和明宣宗时期开始得到改变。在明代宗朱祁钰时期,内阁将议政权和行政权牢牢抓在了手中,内阁首辅则成为了实际上的百官之首,权力开始得到大大加强。 到了万历早期,由于天子尚且年幼,朝廷实际上的权力掌握在张居正手中,可以说,当时张居正才是大明实际上的主人。张居正施行的改革让内阁成为政府运转的中枢,张居正实际上已经接近于现代首相的地位。也就是在这时,内阁的权力已经远远超过了丞相。