在彻琴伊特扎天文台附近有一口被当地人视为神圣的“圣井”。公元1524—1529年，在尤卡坦地区担任大主教的西班牙人迪戈·戴·朗达，在介绍当地历史时说，每逢大旱，祭司们总要祭祀这口井。为祈求雨神息怒，就要举行隆重的仪式，把童男童女投入这口井中。
1877年，美国考古学家爱德华·赫伯特·汤普森主持挖掘了这口圣井，他们从井底臭气冲天的淤泥里，不仅发掘出许多珠宝和艺术品，还有童男童女的尸骨。
爱德华虽然证实了迪戈的记载，然而这口圣井给人们带来的更多的困惑——这口井是怎样出现的？为什么当地人要把它视为“圣井”呢？还有，同样的井在附近还有数眼，为什么独独这眼井受到特别的青睐？
距那座天文台不到100米的丛林里，还有一眼与“圣井”十分相似的水井。从井壁风化剥蚀的情况看，它和“圣井”极为相似，井水的深度也一样，在幽绿的色泽中闪烁着棕和血红相间的颜色。毫无疑问，两口井的年代是一样古老的，许多学者只提“圣井”，而忽略了这口井。这口井的神秘价值在于当它和“圣井”划出一条直线时，那座被称为卡斯蒂略金字塔的天文台的顶部，恰恰在这条直线的中部，而且非常准确，两口井距天文台的顶部都是984码！
这表示了什么？没有人能够解释。有一点至少是清楚的，这两口井应早于天文台存在，而且天文台选址是以两口井的等距离作为建造依据的。
这座金字塔似的天文台属于天神库库尔坎，即“羽毛蛇”所有。蛇形图案在玛雅古代建筑上到处可见。在热带丛林里原来有许多美丽的花卉，可以成为绘图或雕刻的题材，然而，玛雅却不这样，他们特别偏爱蛇。从远古到现代，蛇一直是蛰居地上的爬行动物，为什么玛雅人会赋予它以飞行的能力？
据研究，天神库库尔坎很可能与后来的另一位天神奎茨尔科特尔，是同一个人物。
玛雅人的传说告诉我们，奎茨尔科特尔是位长着长胡子，身穿白袍，来自东方一个未知国家的神。他教会玛雅人各种科学知识和技能，还制定了十分严密的法律。据说，在他的指导下，玛雅人种植的玉米长得像人那么粗大，他教人种植的棉花，能长出不同的颜色。奎茨尔科特尔在教会玛雅人这一切之后，便乘上一艘能把他带向太空的船，远走高飞了。而且，这位天神告诉怀念他的玛雅人，说他还会再回来的。
在供奉这位贤人的天文台旁，出现的这些水井究竟意味着什么？它当时出现的真实用途又是什么？这又是一个难解之谜。
玛雅文化的难解之谜，何止是这些水井。像奎茨尔科特尔这样的神灵，是作为大传教士、律师和法官，以及大科学家和农艺师，来到玛雅人中间的。他既然怀着善良的愿望普渡众生，那么他肯定也会教给贫困而愚昧的玛雅先民，使用轮子，制造车辆，以摆脱肩挑步行之苦。然而，考古学家从未在历史的土层下发现玛雅人使用过车辆和轮子。这些都是一个又一个悬而待解的谜案。