纵观建国五十多年我国农村土地制度的变迁，大致经历了从土地改革、人民公社体制、家庭联产承包责任制及农地流转的出现等几个阶段。 农村土地制度
1、所有权主体虚位。 我国《宪法》和《土地管理法》都明确规定了农村土地归农民集体所有，但是该规定实质上是模糊的，“农民集体”的含义并不明确。根据我国《村民委员会组织法》的规定，无论是村民小组还是村委会都不可能成为农村集体土地的所有者。这样就造成了农地所有权主体的虚位。实践中，村民小组、村委会、乡政府，甚至一些集体经济组织都成为集体土地的实际支配者，行使着所有人的权利。由此导致现实中的严重后果是，村干部和乡干部成了农村集体土地的实际支配者和最大受益者，集体土地所有权实际已被虚化，乡村干部“寻租”成为一种较为突出的现象。
2、所有权效力的相对性和权利内容的不完全性。与国家土地所有权相比，集体土地所有权在法律上受到相对保护。 [4] 从我国现行法律规定及其运作来看，农民集体土地所有权是一种受到严格限制的所有权。国家对其用途、流转、处置进行严格地管制。对照所有权的权能构成，农民集体土地所有权的权能则表现残缺不全。我国农村土地的法律所有权(即名义所有权)与实际所有权完全不一致。我国农村土地的所有权的真正主体是国家(中央政府)，各级政府只是这个所有权主体的代理人，乡、村、组集体是国家所有权的基层代理人。这些规定违背了所有权平等的要求。
3、农地承包合同性质不明。在理论界，农地承包合同的性质有行政合同说和民事合同说两种观点。行政合同说认为，农业联产承包责任制的建立，使农民通过与政府签订行政合同获得土地使用权，以行政合同代替了计划体制下的行政命令或指令性计划，国家在农业领域管理方式上行政合同占据了主导地位。 [5] 而民事合同说认为，农地承包合同如同企业承包经营合同一样是平等主体间签订的双务、有偿、诺成合同。 [6]理论上的争议在立法上也得到了相关的支持。由于行政与民事关系不分，承包合同已不限于发包人与承包人的民事权利义务，失去了本来的含义，成为地方政府和乡村干部对农民进行全方位治理的手段。
4、农地承包经营权性质不清。目前我国学术界的争论主要集中在物权说 [7] 与债权说 [8] 之间，除上述两种观点外，还包括劳动关系说、物权兼债权说、债权兼物权说、(复合)所有权说、田面权说(所有权为田底权)、附加土地所有权说、社会保障说等。
5、土地流转制度存在缺陷。虽然我国《农村土地承包法》第32条规定了承包经营权可以依法采取转包、出租、互换、转让、入股等方式流转，但我国农村并未形成合理有效的土地流转机制，如流转客体有限，流转性质不明确，流转种类的不科学性和流转程序的不规范性。流转障碍主要在于：一是将农业承包合同定位于债权合同，因而土地承包经营权人转包土地或转让土地承包经营权需经发包人同意;二是依我国《担保法》第37条之规定，耕地、自留地等集体所有的土地使用权原则上不可抵押。不可抵押限制了农地流转。 [9] 对此，有学者提出了质疑：“这一规定未必合适，农地使用权都可以转让，为何就不能设定抵押权呢?” [10] 由此导致的结果是生产力无法重新配置，农业经济结构的调整处于要么重新调整土地承包关系，要么放弃规模经营的尴尬局面，土地的资源配置效率低下。 土地问题
我国农村土地制度陷入困境，其原因有以下几个方面。
1、立法失范。我国《宪法》、《土地管理法》、《农业法》、《村民委员会组织法》涉及农民集体土地所有权的相关规定表现出含糊不清、相互矛盾或严重背离社会现实等问题。例如，对农村土地仅规定归农民集体所有，但对“农民集体”的含义、表现形态未做明确界定，并将“农民集体”与农村、农业经济组织混用。《土地管理法》中规定村民小组具有经营土地的权利，而在我国《村民委员会组织法》中，村民小组却隶属于村委会，无独立地位，其对土地的经营管理权也就当然地收归村委会了。
村民委员会并不是集体土地所有权主体，它只是村集体事务的实际操作者，我们应该把村民委员会与农民集体本身相区别。一方面，从村民委员会性质来看，我国法律规定村民委员会是基层群众性自治组织。另一方面，我国《村民委员会组织法》和《土地管理法》规定村民委员会管理本村属于村农民集体所有的土地和其他财产，可见，法律并没有赋予村民委员会以土地所有权，村民委员会只是土地的经营管理者，并非土地所有者。
尽管我国《农村土地承包法》的立法说明具体规定体现了承包经营权的物权化，然而农民的承包经营权的内容却由发包方和承包方约定，并未法定化。另外，根据该法第56条规定，当事人一方违反合同义务，应承担违约责任。由此，农民的承包经营权难以得到物权法的保护。
2、行政介入。农民集体土地所有权矛盾的核心问题是政府在利益驱动下的政治操纵和强势介入。在计划经济时代，国家计划决定生产什么，生产多少和如何分配，土地的控制权事实上不在所有者，而在国家手中。在实行农村家庭承包经营制后，国家基于其利益的需要，仍未放松对农村集体土地的控制，只是变换了方式，通过政策和法律对农民集体土地所有权进行实际控制。土地所有权主体的虚位，使国家对农村集体土地的支配更加畅通无阻。现实中，圈地和拆迁问题不断，一些政府或部门滥用行政权征用土地，损害了农民利益，导致了一些社会问题的产生。
3、理论缺失。根据我国《宪法》和《村民委员会组织法》的规定，村民委员会是村民自我管理、自我教育、自我服务的基层群众性自治组织。然而《土地管理法》却规定了村民委员会的“经营”职能，这与根本法相冲突。
村民委员会即不是行政组织也不是民事组织，不享有民事权利能力和行为能力，不是民法上的“第三主体”，然而《农村土地承包法》却规定了它的民事责任，该组织的民事责任基础是什么?最典型的是无财产基础，这一问题颇值探讨。另有不足的是，该法仅规定了村民委员会的民事责任，却未涉及村干部的责任，因为在实践中村民委员会侵犯农民利益实际上表现为村干部在缺乏应有的监督情况下滥用“职权”。
