对最佳资本结构的研究，已有五十多年的历史，但是到目前为止，学术界对最佳资本结构仍存在很多的争议，这些争议主要表现在以下三个方面：
最佳资本结构的含义
一般认为最佳资本结构是指能使企业资本成本最低且企业价值最大并能最大限度地调动利益相关者积极性的资本结构。虽然对最佳资本结构的标准仍然存在着争议，但是股权融资与债权融资应当形成相互制衡的关系，过分偏重任何一种融资都会影响到公司经营的稳定和市场价值的提升。
最佳资本结构的存在性问题
即是否存在最佳资本结构。一派观点否认最佳资本结构的存在，早期资本结构理论中的净营运收益理论，MM定理，都否定了最佳资本结构的存在。另一派观点则肯定最佳资本结构存在，早期资本结构理论中的净收益理论与传统理论，修正的MM定理，权衡理论，控制权理论，代理成本理论等都肯定了最佳资本结构的存在。
最佳资本结构的决定问题
在承认最佳资本结构存在的学者中，关于最佳资本结构的决定，也存在着很大的分歧与争议。
首先是关于最佳资本结构决定的理论。关于最佳资本结构决定的理论主要有三种观点：权衡理论、代理成本理论、控制权理论。权衡理论认为，负债可以为企业带来税额庇护利益，但各种负债成本随负债比率增大而上升，当负债比率达到某一程度时，息税前盈余(EBIT)会下降，同时企业负担代理成本与财务拮据成本的概率会增加，从而降低企业的市场价值。因此，企业融资应当是在负债价值最大和债务上升带来的财务拮据成本与代理成本之间选择最佳点；代理成本理论则认为，在确定企业最佳资本结构时，企业必须在综合考虑两种代理成本的基础上做出权衡取舍，在给定内部资金水平下，能够使总代理成本最小的权益和负债比例，就是最佳的资本结构。Jensen andMeckling(1976)认为最佳资本结构选择在使得股权融资和债务融资的代理成本达到最小的点上。即当债权融资所导致的股权代理成本降低恰好与债权代理成本相等时，企业达到最佳资本结构；控制权理论则认为，最佳资本结构存在干控制权收益与控制权损失恰好相等的那一时点。如Harrisand Raviv(1991)认为在职经理通过权衡其持股收益与控股损失确定其最佳资本结构；Israel(1991)认为企业最佳资本结构是权衡接管中因负债增加而导致的目标企业收益增加效应与接管可能性减少效应的结果。
其次是最佳资本结构的取值问题
在承认最佳资本结构存在的条件下，不同的学者对最佳资本结构的取值也存在的很大的争议。主要有两种观点：(1)最佳资本结构是一个具体的数值；
(2)最佳资本结构是一个区间。如张彦(2004) 认为由于受众多因素的影响，最佳资本结构不是一个固定不变的值，而应是一个变动区间，在这个区间内，企业的财务管理目标能够得到最大限度的实现。
