原因一，玛雅人消失内部战乱。
由于贵族阶层的扩大，他们想从其他城市国家掠夺奢侈品和战利品的需求也随之扩大，从而引发了内部战乱，更多无辜的人民成为了受害者，四散逃离，更遭到盗贼们破坏家园和杀害。玛雅人所剩无几，最后仅存10%左右的居民，流散在世界各地。
原因二，外星人接走了玛雅人。
有人说，是外星人曾经授予了玛雅人高等的智慧和能力，使得他们得以推论行星的寿命，甚至是地球的未来，但是后来，玛雅人厌倦了在地球上的生活，便被外星人带出了地球。
原因三，因为资源匮乏，玛雅人已经迁移。
根据考古专家最新推论，玛雅人很可能早已迁移之前的住所，可能生活在墨西哥，南美地区，现在的玛雅人由于不断的进化，已经忘记自己曾经的历史了。至于迁移的原因，很有可能就是因为不断的对资源进行开采，导致玛雅王国已再无任何资源可以供人们生存。
参考资料
科技讯.科技讯[引用时间2018-4-11]
玛雅文化消失原因的猜测
（一）随外星人离去
瑞士作家艾瑞兹温达尼肯于二十世纪60年代在他的名着《神之战车》里提到，在棺盖中心处蜷着身子的那人实际是一个宇航员，他正在控制着自己那正在起飞的飞船。有些人甚至推测玛雅人突然消失的原因是他们随着外星人的宇宙飞船一同离去。我们认为，玛雅人对天文如此了如执掌，他们创造奇迹，却又神秘地消失，也许他们是外星人与人类的后裔，被先进的另外星球的“祖先”给接走了。
（二）随祖先沉入大海
据有关资料，有的学者认为，在大西洋中曾有一个大西洲，它经济繁荣，文化发达，可在10000多年前的某一天，它一夜之间沉入了大海，毁灭了。翻开地图我们发现，大西洲的位置离犹卡坦半岛很近。德国科学家莫克认为，玛雅人在公元前8499年6月5日13时开始了他们的新纪元。在玛雅人中流传着这样一句话“世界由5个太阳主宰，一个太阳代表一个纪元”。所以认为，若以上材料是真实可靠的话，那么，也许玛雅人会是幸存的大西洲人和美洲当地人的后代，他们深知祖先的毁灭，他们认为在公元后的某一天，又一个纪元将灭亡，所以集体向北迁移，并在之后的某一天，集体跳入大西洋，逃避世界的灭亡。
（三）内部暴乱
据考古研究，在阿兹特克人到达陶帝华康城（Tonuhuacan）时，这座古城已经荒废了。考古学家认为大概是那儿发生了推翻僧侣神权统治的暴动，其现存的神像统统被砍去脑袋，祭祀神庙也遭捣毁的事实，也暗示了这一点。据此，我们推测，也许玛雅文化消失原因也是这样。大量祭祀，压迫使人民起来反抗，于是玛雅统治世界发生了大暴乱，导致玛雅文化的灭亡。
（四）祭祀杀人过多
古玛雅人与阿兹特克人有许多相似之处。他们认为太阳将走向毁灭，他们认为自己的行为能延续太阳存在时间，他们必须通过做一些自我牺牲来保留太阳的光芒四射，阻止它灭亡。他们这种认识导致了以人心和血来喂养太阳。玛雅人以被用做祭祀为荣，奴隶主，奴隶的心挖出献给太阳，于是为此死亡的人越来越多。据说，16世纪西班牙人曾在祭祀头颅架上发现过136000具头骨！当时的人，为了庆祝特偌提兰大金字塔落成，在四天的祭祀中，奴隶主竟杀了36万人！我们认为，用于祭祀的人大多是族中身体健康的人。频繁的祭祀，使被杀的人不断增多。玛雅人大量减少，也许是造成玛雅文化消失的原因吧。