一共七种关系：种间共处、互生、共生、拮抗、竞争、寄生和捕食。
种间共处：两种微生物相互无影响的生活在一起，不表现出明显的有利或有害关系。如乳杆菌和链球菌。
互生：微生物间比较松散的联合，在联合中一方或双方都有利。如氨化菌和
硝化菌。
共生：两种微生物紧密结合在一起形成一种特殊的共生体，在组织和形态上产生了新的结构，
在生理上有一定的分工。共生分为互惠共生和偏利共生。如
藻类与真菌共生形成的
地衣。
拮抗：两种微生物生活在一起时，一种微生物产生某种特殊的代谢产物或改变环境条件，从而抑制甚至杀死另一种微生物的现象。
竞争：生活在一起的微生物，为了生长争夺有限的营养或空间，结果使两种微生物的生长均受到抑制。竞争在自然界普遍存在，是推动微生物发展和进化的动力。
寄生：一种生物生活在另一种生物体表或体内，从后者的细胞、组织或体液中取得营养，前者称为寄生物，后者称为寄主，寄生物一般对寄主是有害的。如
噬菌体与细菌。
捕食：一种微生物直接吞食另一种微生物。如
原生动物对细菌的捕食，捕食关系在控制种群密度，组成
生态系食物链中，具有重要意义。