重庆大学土木工程学院的组织机构包括多个系和教研室，以满足专业教育的需求。学院设有五个主要的系：建筑工程系、岩土工程系、路桥工程系、安装工程系和测绘工程系，每个系专注于各自的领域研究和教学。
此外，学院还设有四个直属教研室：建筑力学教研室、建筑图学教研室、防灾教研室以及专业英语教研室。建筑力学教研室特别细致，由结构力学教学小组、理论力学教学小组和材料力学教学小组这三个专业小组共同构成，旨在深入研究力学理论在建筑中的应用。
在实验设施方面，学院建立了两个重要的实验中心：土木工程实验中心和土木工程专业基础课教学实验中心。土木工程实验中心包含结构工程实验室、岩土工程实验室、路桥工程实验室、施工实验室、测绘实验室、网络实验室和安装实验室，为学生提供实践操作的平台。而土木工程专业课教学实验中心则设有工程地质实验室、工程力学实验室、建筑图学模型室、施工实验室、测绘工程实验室以及CAI实验室，为学生们提供了专业的课程实验环境。
学院成立于1952年，现有土木工程和测绘工程两个专业，其中土木工程下设建筑工程、基础工程与地下结构、城市道路桥梁和安装工程四个方向。土木工程专业已连续两次以优异成绩通过全国高等学校土木工程专业教育评估。