菌种库的意义很大，尤其是国际和国内认可的大型菌种库，比如美国的ATCC，大家都要到他那买标准菌株，同时如果申请微生物方面的专利的话，也要求把菌株保存到标准菌种库中；发表微生物新种一般也要求把菌种保存到国际大型的菌种库中，越来越多的SCI杂志也要求论文投稿前要先把菌种保存到公开的菌种库中。 生产用菌种，经长期使用和保藏后，会发现发酵单位低，产生泡沫多，
菌丝变形等异常现象，这标示着菌种的退化，导致菌种质量低劣，应用该菌种会直接影响发酵生产，菌种质量是影响发酵成败的关键因素之一.针对菌种质量这一问题，结合菌种本身的特征及菌种制备的方法和条件，对已退化的菌种进行处理，恢复该菌种原有优良性状，是保证生产稳定性的基础。本报道以细菌为例进行探讨。
在适宜的环境条件下，一般经过20～40天的培养，菌丝即可扩展蔓延至整个培养料，再经过7～10天的培养，即可用于转接栽培种或用于生产。制备的菌种如暂时不用，可在凉爽干燥、通风、避光、清洁的室内短期存放，以确保菌种的质量。