“茱萸”的植物
在传世文献中，最早记载“茱萸”之名的是据推定成书于西汉末年至东汉初年的《神农本草经》。原书在宋代以后已亡佚，如今只有后世学者从引用该书的著作中摘出引文编排而成的辑本。按照现在流行的辑本，《神农本草经》中已有“吴茱萸”和“山茱萸”两味药，均列为“中品”。然而，有人发现宋代类书《太平御览》在引用该书对吴茱萸的介绍时没有“吴”字，怀疑原书恐怕只是管这味药叫“茱萸”，“吴”字是后人加上去的。
到了唐代，苏敬主编的《新修本草》又新收一种“食茱萸”，指出它和吴茱萸相似，但药效“少为劣尔”（稍微有点差罢了）。在此之后，历代学者对于吴茱萸和食茱萸的关系一直有争论，大体有两派观点，一派认为吴茱萸就是食茱萸，另一派认为二者是不同的植物。明代李时珍就极力主张吴茱萸和食茱萸并非一物，食茱萸是上古所说的可以做调料的“藙”，又有“欓子”、“越椒”等别名。
经过现代植物学家的考证，今天学界的共识是，山茱萸指的是山茱萸科植物山茱萸（Cornus officinalis），其枝叶和果实都没有气味。至少自李时珍以后，吴茱萸指的是芸香科植物吴茱萸（Tetradium ruticarpum，有的文献也用其异名Euodia ruticarpa或拼写错误的“Evodia rutaecarpa”），食茱萸指的则是芸香科另一种植物椿叶花椒（Zanthoxylum ailanthoides），它们的枝叶和果实都有浓烈的气味（至于是香是臭，随各人的感受不同而不同），特别是果实，入口极辛辣。至于李时珍之前的吴茱萸和食茱萸的关系，则没有定论。在我看来，古人最早很可能并不严格分辨吴茱萸和食茱萸，都用“茱萸”来称呼，只是入药的时候以吴茱萸为多，做调料的时候以食茱萸（欓子）为多罢了。
在今天，以“茱萸”为名的植物除了上述吴茱萸、山茱萸、食茱萸之外，还有蜜茱萸、草茱萸、单室茱萸等，但这三者都是现代植物学家起的名字。蜜茱萸属（Melicope）因为和吴茱萸属（Tetradium）近缘、同属芸香科而得名；草茱萸属（Chamaepericlymenum）和单室茱萸属（Mastixia）则因为和山茱萸属（Cornus）近缘、同属山茱萸科而得名。
马王堆医书引发的争论
如果把出土文献也包括进来，茱萸之名出现的时间还要再早大约两百年。
1973年秋，湖南长沙马王堆三号汉墓出土了大量随葬文献，均为西汉初年的抄本，其中包括医书《五十二病方》。这部医书中有一个治“癃”病的药方用了“朱臾”，与“椒”（花椒）合用，另有两个治“疽”病的药方分别用了“朱臾”和“树臾”，均与“桂”（肉桂）、姜、椒合用，这不仅说明“朱臾”就是“树臾”，而且强烈暗示它是一味和肉桂、姜、花椒一样具有强烈气味的植物药。学界因此认定，“朱臾”和“树臾”都是“茱萸”的别写，它必是《神农本草经》所谓“（吴）茱萸”无疑。
然而在2011年，北京中医药大学硕士杜锋把吴茱萸和食茱萸之争引入了对马王堆医书“朱（树）臾”的解释中，试图用语言学的证据表明“茱萸”最早指的是食茱萸（椿叶花椒），因此《五十二病方》里提到的“朱（树）臾”是食茱萸而不是吴茱萸。他的逻辑是：
第一，“茱萸”是个叠韵联绵字，按照语言学家孙景涛、江蓝生的理论，一部分联绵字是由单音节词变形重叠而成（如“蹀”变形重叠为“蹀躞”，后来又演变出“抖擞”、“哆嗦”和东北话的“嘚瑟”等形式；“躇”变形重叠为“踌躇”等），“茱萸”也是这样由“茱”变形重叠形成的。
第二，“茱”的本字是“朱”，按照闻一多的解释，“朱”就是“有刺之木”。
第三，食茱萸（椿叶花椒）正好是一种有刺的树木。
乍一看这个推理很严密，实际上却不怎么令人信服。首先，认为“茱萸”由“茱”变形重叠而来的证据就非常薄弱。要知道，孙景涛、江蓝生都曾警告说，如果没有特别充分的证据，绝不能轻易认定一个联绵字的单音节词源。更重要的是，学界现在普遍不赞同闻一多的观点，并不认为“朱”是什么“有刺之木”。台湾学者季旭升就通过比较大量的古文字指出，“朱”字其实本来是“束”字，是假借了这个字的发音表示“红色”之意；后来两字发生分化，古人把“束”中间的“口”涂实成一横，就分化出“朱”字。既然“朱”字和“有刺之木”根本没有关系，杜锋的推理就也出现了致命的缺环，而不能成立了。
在我看来，既然古人最早并不严格区分吴茱萸和食茱萸，那么硬要考证马王堆医书中的“朱（树）臾”是吴茱萸还是食茱萸，又有什么必要呢！
为什么说重阳节佩戴的是吴茱萸？
不管怎样，杜锋在做考证的时候，是基本充分考察了历代古籍里有关茱萸的各种记载和前人的各种考证结论的。如果没有这种充分的考察，就贸然推翻学界的结论，那就总让人觉得假设的胆子太大了一些。
为什么学界认为包括王维在内的唐代人在重阳节佩戴的茱萸是吴茱萸呢？因为只要考察一下佩戴茱萸的节俗的起源，就不难得出这样的结论。
西晋有一位著名的政治人物叫周处（就是那位“除三害”的猛少年），曾经著有一部记述地方民俗的《风土记》。虽然此书在后世和《神农本草经》一样不幸亡佚，但靠着后人的辑本，它至今仍然是中国民俗史研究的基本参考文献之一。就是这部书明确记载：“俗尚九月九日谓上九，茱萸气烈，熟色赤，可折其房以插头，云辟恶气而御初寒。”由此可见，重阳节所佩之茱萸是有强烈气味的吴茱萸，而不可能是没有气味的山茱萸。我们甚至可以进一步确定，古人所佩的吴茱萸就是今天植物学上的吴茱萸，而不太可能是枝条上都是刺、容易扎伤人的食茱萸（椿叶花椒）。
事实上，古人用于“辟恶气”的很多植物如佩兰、艾、菖蒲、苍术等都是有浓烈气味的植物，这可以说是中国民俗的常识。如果非要说重阳节佩戴的是没有气味的山茱萸，而不是有浓烈气味的吴茱萸，对于研究民俗史的学者来说未免有些不可思议。不仅如此，因为重阳节的月数和日数都是九，而九在阴阳学说里是“至阳之数”，所以从汉代开始，受阴阳学说的影响，古人认为九月九日阳气太盛，阴阳失调，是凶日，需要辟邪，这正是推动重阳节佩戴茱萸的节俗发展的主要原因之一。
与此类似的是五月初五的端午节。因为它与夏至日接近，夏至后昼长渐短，古人认为阴气开始滋生，为不祥之兆，所以端午节也是凶日，需要用香草辟邪。《风土记》又记载西晋民间在端午节“以艾为虎形，或剪裁为小虎，帖以艾叶，内人争相载之；以后更加菖蒲，或作人形，或削剑状，名为‘蒲剑’，以驱邪却鬼”。直到今天，端午节在家门口悬挂艾和菖蒲仍然是中国南北兴盛不衰的节俗，可见这种用香草辟邪的民俗影响之深。
2、木本茱萸有吴茱萸、山茱萸和食茱萸之分，都是一种著名的中药。佩茱萸，我国岁时风俗之一，在九月九日重阳节时爬山登高，臂上佩带插着茱萸的布袋（古时称“茱萸囊”）。
3、茱萸是一种落叶小乔木，开小黄花，果实为椭圆形，红色，味酸，可入药。果实称为“萸肉”，俗名枣皮，供药用，味酸涩，性微温，为收敛性强壮药。喜爱生长于在温暖地带，分布于我国大部分地区，朝鲜、日本也有广泛分布。