自1999年起，吉林省农业科学院（东北创新中心）实施了"一院两体"改革，注重科技创新的核心地位，强化科技企业的主体地位，形成了由11个研究所（中心）组成的科技创新主体和以吉林吉农高新技术发展股份有限公司为核心的科技企业主体。这两者通过资产和科技成果的紧密联系，相互促进，共同发展。经过多年的实践，科技创新主体的创新能力显著增强，科技创新工作硕果累累，已建立国家级、省级的32个研究中心、基地和实验室。
研究院承担了多项高级科研项目，如"863"、"973"计划，国家自然科学基金和重大专项等，累计取得1200多项科技成果，其中杂交大豆研究处于国际前沿，超级稻研究在国内居于先进地位。每年有近100项技术成果得以广泛应用，新品种审定并投入生产，如玉米、水稻、大豆和高粱，分别占据全省种植面积的63%、70%、55%和92%，每年为农业经济新增约25-30亿元效益。吉林吉农公司发展迅速，净资产达到9800万元，总资产达到3.8亿元，累计利税达3000万元，其玉米种业在全国处于领先地位，位列种业百强企业第8名，被评为吉林省和国家农业产业化重点企业。
建设中的中国农业科技东北创新中心总部及部分科研机构位于长春市净月潭旅游经济开发区，占地16.8公顷，包括办公区、职工住宅区和科研区。2004年奠基，12月19日正式启用，目前科研办公楼、科技交流中心及高级人员住宅区已全面施工，预计2006年底完工。届时，包括生物技术研究中心、大豆研究中心等在内的5个研究中心将迁至长春院区。东北创新中心将成为东北农业科技创新的核心平台，现代农业研发的基地，以及农业科技人才的培养基地。
吉林省农业科学院是以应用研究、应用基础研究和开发研究为主的综合性农业研究机构。其已走过了半个多世纪的发展历程。东北创新中心为省政府直属公益性事业单位。其主要任务是围绕东北区域农业结构调整、农民增收、粮食安全和产业化发展的目标，加强农业科技创新能力建设；建立以长春市为中心、辐射并服务于东北地区的农业科技区域创新平台和成果转化平台；组织重大农业科技成果的示范、推广和产业化开发；开展人才培养、农业科技信息服务、农民科技培训工作等。