济南市人民政府金融工作办公室设有多个内设机构，各司其职，确保金融工作的高效运行。以下是各部门的主要职责：
综合处，除负责办公室日常工作的协调管理，包括文电、会务、机要、档案、安全保密等工作外，还承担着财务、资产管理、后勤服务以及组织人事管理、机构编制和教育培训等工作。同时，他们处理相关人大代表建议和政协委员提案。
政策法规处专注于金融形势研究和政策制定，制定全市金融业发展规划，编制金融中心建设规划，并负责金融风险应急机制建设。他们分析金融数据，提出政策建议，协调金融风险防范与处置，监督非法金融活动，并负责金融信息网管理和培训等工作。
银行处主要负责银行业发展规划的制定与实施，分析行业运行情况，配合监管机构工作，协调驻济银行业机构，推动金融机构在本市设立和发展，引导融资对接，以及指导和协调市属银行业机构的管理工作。
资本市场处负责资本市场规划，分析运行状况，提出政策建议，协助证券监管，推动企业上市，监管债券发行，引导资本市场的机构引入和基金管理。
保险与担保处则负责保险业发展规划，协调监管工作，服务驻市保险机构，参与政策性保险和担保机构的管理，对典当业和担保业进行监管。
根据省委办公厅、省政府办公厅《关于印发〈济南市人民政府机构改革方案〉的通知》（鲁厅字〔2009〕50号）和市委、市政府《关于济南市人民政府机构改革的实施意见》（济发〔2009〕17号），设立济南市人民政府金融工作办公室，为市政府工作部门。