一、伏魔山：主角陈靖仇跟随师父陈辅，意外唤醒了远古魔兽饕餮。师父被饕餮困住，要求主角去雷夏泽找师伯公山先生求救。
二、月河村：主角打听到雷夏泽的位置，并得知村民因河神祭而禁止任何人过桥。主角遇到于小雪，得知她愿意代替被选中的少女作为河神的祭品。在救出小雪后，回到村里发现河神在肆虐，主角和小雪联手击败河神，但村人不理解，将主角和小雪赶出村子。
三、雷夏泽：主角找到师伯，得知师伯被轩辕剑所伤，无法去救师父。师伯给了主角一张地图，希望他能找到神器神农鼎，用来炼制药物救师伯。
四、黑山镇：主角在客栈休息时，遇到隋兵要抓小孩给郡主养颜。拓拔玉儿出现，将隋兵杀死，但被妖魔化的首领打败。主角救了玉儿，但玉儿对隋人怀有偏见。张烈出现，感谢主角一行人，并在客栈宴请主角。
五、大雁岭隋军大营：主角一行人将妖魔化的隋军首领击败，救回被掳走的小孩。
六、大雁岭：主角遇到张烈的部落，打听神农鼎的消息。后来得知神农鼎被皇帝要走了。玉儿独自离开去找神农鼎的下落，主角一行人便去找玉儿的下落。
七、芦家渡：主角来到此处，得知皇帝在征召妃子，将所有渡河的船征走了。主角等人打算混上船，张烈去找件隋兵衣服，孙含主角找胭脂和女用衣服，到客栈集合换装后便混上了船。
八、船上：隋兵要张烈将女子送到第二厢房，主角和小雪到第二厢房打听玉儿的消息，但并未在船上找到。后来得知船底载了一堆铜器，去一探究竟时却被公公识破，经过战斗后将被抓的女子都放走，并杀了公公将船夺走，开往大梁。
九、大梁：主角打听消息得知隋炀帝在此，因此主角一行人打算混入皇帝所在的龙舟舰队寻找神农鼎和玉儿的下落。
十、龙舟舰队：在龙舟中发现神农鼎，但却是假的，真的在中途被抢了，于是一行人在里头寻找玉儿的下落，最后在大殿发现玉儿要行刺皇帝，后来宇文拓出现将玉儿打伤，主角将玉儿救出，皇帝下令要宇文拓将一行人抓回。
后续剧情涉及多个地点和事件，包括神农鼎的寻找、与宇文拓的对抗、玉儿的生死危机、以及最终的神器封印等。主角在经历一系列冒险和战斗后，成功封印了天之痕，拯救了神州。然而，玉儿的记忆在封印过程中消失，小雪陪伴在主角身边，玉儿已投胎转世。
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