流行性斑疹伤寒的诊断鉴别主要依赖于一系列辅助检查，包括血尿常规、血清免疫学试验、病原体分离和分子生物学检查等。
首先，血尿常规检查中，白细胞计数可能正常或偏高，血小板减少，嗜酸粒细胞显著降低，蛋白尿常见。血清免疫学试验中，如外斐试验和补结试验，需取病程不同阶段的血清，4倍以上增长的效价有诊断价值。外斐试验虽特异性较差，但因其操作简便，常用于检测立克次体。流行性斑疹伤寒患者对OX19株的凝集效价在病程后期显著上升，恢复期转阴。补结试验在病程早期即能提供有意义的效价，可用于流行病学调查。
病原体分离则在专业实验室进行，通过豚鼠或鸡胚卵黄囊接种，观察体虱或直接取样检测立克次体。分子生物学检查如DNA探针或PCR方法，能快速、特异、敏感地检测普氏立克次体。
鉴别诊断方面，需注意与伤寒、钩端螺旋体病、虱传回归热、地方性斑疹伤寒等疾病进行区分。例如，伤寒的症状如腹泻、头痛和白细胞减少与斑疹伤寒不同，而钩端螺旋体病则有疫水接触史和特定的实验室检查结果。
其他可能的混淆疾病如恙虫热、流脑、大叶性肺炎和成人麻疹等，也需要通过详细的临床表现和实验室检查来加以区别。
流行性斑疹伤寒（epidemic typhus）又称虱传斑疹伤寒(louse-borne typhus)，是普氏立克次体（Rickettsia prowazekii）通过人虱为媒介引起的急性传染病。其临床特征为急性起病，持续高热，特殊皮疹及明显的中枢神经系统症状。