在进行危险有害因素的分析辨识时，有多种方法可供选择，这些方法根据系统的特性和经验的可用性有所不同。
首先，直观经验法对于那些有可参考案例或丰富历史经验的系统非常适用。其中，对照、经验法依赖于相关标准、法规或检查表，通过分析人员的观察和经验判断，来识别评价对象的潜在危险和有害因素。这种方法强调了实践经验的重要性。
另一种方法是类比法，它利用相似工程或作业条件的事故统计数据，通过类推分析评价对象的危险性。这种方法适用于缺乏直接经验但有类似情况可供参考的情况。
而案例法则更为具体，它通过收集国内外类似工程或工艺条件下的事故案例，探究事故原因和后果，以此分析评价对象可能存在的危险和有害因素。这种方法对于新开发或事故较少的系统尤其有用。
对于更为复杂且没有事故先例的新系统，系统安全分析法，如事件树和事故树，是常用工具。这些方法通过逻辑分析和概率计算，深入探讨可能的事故路径和后果，从而识别和评估潜在的风险。