乌海市教育局下设多个部门，各司其职，共同推动教育事业的发展。
1. 办公室：负责协助局领导处理日常事务，包括综合协调、文件起草、会议组织与督办，以及机要保密、财务管理和精神文明建设工作。
2. 人事师资科：主要负责机关单位的劳资人事管理、教职工考核聘任、干部管理，以及教师队伍建设、评优表彰、岗位培训和专业技术职务评聘等工作。
3. 计划财务科：承担教育体育事业发展规划、预算编制、统计分析与审计任务，同时管理教育资产和勤工俭学工作。
4. 基础教育科：负责全市基础教育、特殊教育和扫盲工作，指导基础教育改革与德育，以及高中招生和社会力量办学。
5. 职业教育与成人教育科：统筹职业教育、成人教育，拟定规划，协调社会力量办学，负责普通话推广和测试工作。
6. 体育卫生与艺术教育科：宏观指导学校体育、卫生和艺术教育，组织竞赛与活动，包括初中毕业生体育考试。
7. 群众体育科：负责群众体育活动和国民体质检测，以及社会体育教练员和裁判员的培训。
8. 竞赛训练科：规划运动项目，指导业余训练，组织学校体育竞赛，参与国家和自治区比赛。
9. 教育督导室：制定督导制度，执法检查教育政策执行，对义务教育、扫盲教育进行督导，并对教育质量、人事、经费等进行评估。