法律分析：员工旷工三天自动离职的是属于强行解除与企业的劳动关系的一种行为，根据劳动法的相关规定，员工擅自旷工然后自动离职的，用人单位还是需要按照员工之前上班的天数来支付相应的工资的，不能因为员工旷工并且自动离职而拖欠或者是拒绝支付工资。要是员工已经严重违反了用人单位的规章制度的，用人单位还可以根据劳动法的规定与员工解除劳动合同。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第三十九条 劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：
(一)在试用期间被证明不符合录用条件的;
(二)严重违反用人单位的规章制度的;
(三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的;
(四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的;
(五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的;
(六)被依法追究刑事责任的。