首先需要打开背包，选择mage进化石X或Y，因为有些精灵是有两种mega进化形态的，取决于玩家使用的是mega石X还是mega石Y。对想要进化的精灵使用即可完成，在mage进化后，形态，图形，能力值都会发生改变。
这个版本中烈空坐永久超级进化的方法记得是去流星瀑布深处的试炼屋里学会画龙点睛，那么把画龙点睛网调之后应该就可以变回原样了。mega超级进化是超越了目前为止宝可梦可进化的界限，属于更上一层的进化。
需要打开背包，选择mage进化石X或Y。然后对想要进化的精灵使用即可。mage进化后形态，图形，能力值都会改变，mage进化可以一直存在，以喷火龙为例，喷火龙就有X或Y两种形态。
只要超过进化等级都可以进化（比如鲤鱼王是20级可以进化，如果这级不进化，那么下次到21级时又可以进化）。游戏中无法降低等级。口袋妖怪究极绿宝石要从宇宙中回去的方法是玩家需要使用召唤卡就可以将绿宝石从宇宙中召回了。
直接在非战斗状态在背包里选择光之石给比雕用就永久进化mega了，不想mega就在用光之石给超级比雕用就会退化成比雕。ps：都不需要给宠物带相应的mega石，有手环直接用以下的石头就可以。
口袋妖怪究极绿宝石Ⅱ中，火焰鸡携带火焰鸡石战斗中Mega进化。前提条件是需要力壮鸡火稚鸡进化成火焰力壮鸡，16级即可完成。火焰鸡力壮鸡36级进化成火焰鸡，36级即可完成。