根据项目的目的不同，地下水功能评价可划分为“目标功能评价”和“主导功能评价”两种模式。
“地下水的目标功能评价”是指选择地下水系统中某一功能作为研究目标（对象），系统地表征它在流域尺度地下水循环系统各区带的状况和分布特征，集中反映地下水某一功能的区位特征。
“地下水的主导功能评价”是将所有地下水功能都作为研究目标（对象），综合反映流域尺度地下水循环系统各区带优势功能和脆弱功能的区位特征。
主导功能评价模式表征流域水循环系统中各区、带的优势功能和脆弱功能的空间分布规律，以提高实际应用性。目标功能评价模式主要反映地下水功能的区位特征，以增强基础研究的指导性。
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