在植物基因工程的研究与应用中，我们往往会碰到这样一个问题，即在第1代转基因植株中检测到了外源基因，在第2代甚至第3代也检测到了外源基因，但在后面几代就检测不到外源基因，也就是外源基因在转基因植物中突然丢失了。
这是什么原因造成的呢？主要是由于转化受体通常是二倍体，外源基因同时整合到同源染色体相同座位的可能性极小，因而获得的第1代转基因植株常常是杂合体，在后代分离过程中，因同源染色体配对和对等交换而使外源基因丢失。其次是由于转化受体通常是多细胞结构，获得的第1代转基因植株可能是嵌合体，因此，在检测幼小的转基因植株时能检测到外源基因，由于外源基因在生长点的分生组织细胞中不存在，因而在植株生长和后代分离过程中，外源基因就会丢失。
再次是植物基因组中存在一些对转基因可遗传稳定整合不利的特定位点。克服外源基因在转基因植株中丢失的对策是：①建立植物小孢子转化体系，因为小孢子具备了单细胞、单倍体两个特性，以它作为转化受体能克服上述两个缺点，易获得纯合的转基因植株；
②建立一套将外源基因定点、定量地整合到受体基因组中遗传转化技术。