施用大量未腐熟的有机肥，导致根部受损，不能吸收足够的水分，所以植株易产生缺水现象。
1、引起烧根烧苗，如果没有腐熟的有机肥，如果数量很少并且没有与植物的根须直接接触，由于发酵过程中会产生一定量的热量，不会有肥害现象。如果大量未分解的有机肥料堆积在植物的树盘下面或直接与根须接触，这些有机肥料在发酵过程中产生的热量通常会烧掉根须，或者当液体肥料的浓度过高时，植物根须中的水反而会渗回肥料中，一旦植物的根须受损，不能吸收足够的水分，或者植物中的水分渗出，植物的幼枝和幼叶会缺水。
2、病虫害的威胁。粪便含有大肠杆菌、线虫和其他细菌和害虫。直接使用会导致病虫害和农作物疾病的传播，还会影响食用农产品的人的健康。当未成熟有机物在土壤中发酵时，容易滋生细菌和害虫，导致病虫害的发生。
3、产生毒气危害。在分解过程中，分解的粪便产生甲烷和氨等有害气体，对土壤和作物造成酸损害和根部损害。
4、导致土壤缺氧。分解的粪便在分解过程中会消耗土壤中的氧气，使土壤暂时处于缺氧状态，这将抑制作物的生长。
5、大量养分流失。在传统的沤制粪便过程中，由于自然分解、风、雨等原因，氮、磷、钾等养分被浪费和严重流失，总利用率仅为50%。
6.肥料效率变得缓慢。未发酵分解有机肥中的大部分养分处于有机态或慢效态，不能被作物直接吸收利用，只有在分解转化为速效态时才能被作物吸收利用。因此，直接施用而不发酵会降低肥料效率。
总之，合理使用分解的有机肥可以促进作物生长，不要盲目大量使用不分解的有机肥。那些没有分解的有机肥经常会导致植物的根毛和嫩枝叶在发酵过程中受到伤害。
有机肥有发酵习性，施入土壤中会发酵，产生热量、有害气体，有烂种子、烧根、烧苗现象，而且发酵时间长，产生肥害反而影响农作物生长，没有发酵腐熟的农家有机肥，施入土壤病虫害较多，动物粪便里、农作物秸秆、下脚料里含有病菌、虫卵、病毒，如果直接施入土壤，会在土壤中漫延、滋生、孵化，危害农作物生长，爆发病虫害疫情。
1、有机肥腐熟国家标准可参考有机肥国家标准NY525-2012：
有机肥最新目前实施标准为NY525-2012，代替原有的NY525-2011，于2012年3月1日发布 2012-6-1日实施，中华人民共和国农业部发布。
2、自制有机肥腐熟（好氧发酵）可参考：
在堆积、搅拌、通风的好氧状态下，利用微生物分解原材料中的有机物，分解产生的热量可使水分蒸发，能杀死病原菌、寄生虫卵和杂草种子，是一安全、卫生、有机物稳定化的过程。
通过以上方法，腐熟的有机肥应该是无臭无蝇的，颜色应该是黑色或褐色。