都有。含氯的生物源天然有机化合物很多，典型例子就是大家熟知的氯霉素，它是委内瑞拉链丝菌产生的抗生素，属生物次生代谢产物。含溴生物源天然有机化合物多来自海洋生物，这个问题下的回答中有很多优秀回答，笔者就不再重复了。含氟的生物源天然有机化合物虽然很少，但确实存在，距离我们也并不遥远，举一个很典型的例子：禁用灭鼠药氟乙酰胺（当年“邱氏鼠药”中的违禁成分）或者氟乙酸钠，剧毒，毒理是进入人体后生成氟乙酸，进而合成氟柠檬酸后阻断三羧酸循环，称为“致死合成”。2013年震惊全国的“夺命快递”事件，快递泄漏的致命物质是氟乙酸甲酯，它的毒理也是进入人体后生成氟乙酸，因此仅仅泄漏物沾染就导致了致人死命的严重后果。有趣的是，氟乙酸钠竟然是一种天然有机化合物，它来自南非的一种毒鼠子科毒鼠子属植物Dichapetalum cymosum，这种植物的英文俗名就称为Poison leaf（毒叶，毒叶木），这种植物有剧毒，1944年分离出其有毒成分氟乙酸钠FCH2COONa，这是第一个被分离的生物源天然含氟有机化合物，也是屈指可数的天然含氟有机化合物之一。这是英文维基对Dichapetalum cymosum的介绍：Dichapetalum cymosum氟乙酸钠很快被证明是一种有效的杀鼠剂，我国在上世纪70年代到80年代初曾广泛使用氟乙酸钠（又称1080）和氟乙酰胺（氟乙酸的前体，又称1081）作为杀虫剂、杀鼠剂等。
不仅存在，而且地球上绝大多数卤代“有机化合物”都是自然合成的。人类生产最多的卤代物应该是卤代烃了，氟氯溴碘加起来大概每年在十万吨级别。但仅仅海藻一类生物，产生的氯代甲烷量就有500万吨左右。更正：书上原话只有氯甲烷。我承认错误。我这个ZZ忘了有氯乙烯这回事。我该死。我向人民和元老院认罪。（题主找本不是特别水的有机化学教材，打开卤代烃一章，在附录里大概都会举这个例子-因为它太经典了-好像人教版有本选修也提过？）你要是认为非要像甲状腺素、青霉素那样“复杂”（其实也不复杂...）的化合物才算“天然有机化合物”，那人类能合成的就更少了-因为人类在生产这些东西的时候一般用的就是天然产物提取-全合成的话估计你一年的收入连一片青霉素都吃不起。所以，你们初中生还是要学习一个，不要总想着弄个...提个没啥意义的问题。
地球上的自然界有没有，我没有调查过。但是我可以负责任地告诉你：天上有。今年 10 月 17 日，天体化学家首次在星际空间中发现有机卤素：一氯甲烷（CH3Cl），俗称氟利昂-40.所处的原恒星系统 IRAS 16293-2422 是一颗类似于太阳的恒星——也就是说和我们太阳系早期的条件比较类似。不仅如此，科学家还同时在太阳系内的彗星 Churyumov-Gerasimenko 上发现了一氯甲烷。这个新闻上个月刷了各大天文学网站的屏，也算是很会搞大新闻了有兴趣的话可以到SCIfinder或者，应该还是不少的！
