《大教学论》全面论述了
人的价值、教育的目的及作用、旧教育的弊病、改革教育的必要性和可能性、学制、教学法、体育、德育、宗教教育、学校管理等。实际上，它包含了整本教育学的内容，并且奠定了今日分科教学法的基础。该书除了《致意读者》等部分之外，全书共33章，可分为六部分，主要内容如下：
第一部分（1-5章），论述人生的目的以及人的可教育性
作者以《圣经》的
《创世纪》为根据，加上传统的神学目的论，认为人不仅要认识自己，而且还要认识上帝，因为上帝是永生、智慧和幸福的根源，人是上帝的造物、爱物和形象。他认为，现世的人生严格讲并不是人生，而是永生的序幕，世间的生活只是永生的一种预备，其目的是使灵魂利用身体作中介，去为未来的生活预备各种有用的事情。人的终极目标是与上帝共享永恒的幸福，为此，人在有形的造物之中要成为：理性的动物，一切造物的主宰和造物主的形象与爱物。人生成就要：熟悉万物，具有管束万物与自己的能力；使自己与万物均归于万有之源的上帝。人类的一切优点都完全表现在博学、德行和虔信这三种品质中，这是今生与来生的基础，是我们生活的要点。同时他认为人也是可以被教育的，“谁也不能野到不能驯服的境地，只要他肯耐心地倾听教导与知识”。
第二部分（6-9章），主要探讨教育的目的以及教育的社会作用
作者认为，知识、德行与虔信的种子是天生在我们身上的，但应该从祈祷、教育、行动中去取得，只有受过恰当教育之后，人才能成为一个人。教育的目的，就是要从知识、道德、虔信、艺术和身体等方面去发展人。另外，塑造人、教育人应从少年儿童时期开始，因为这时候欲望正在沸腾，思想很迅捷，记忆很牢固。因此，在很小的时候就要把人形成到合乎智慧的标准，养成良好的习惯。
作者认为，学校的产生为少年儿童接受教育创造了必要的条件。不仅有钱有势的人的子女应该进学校，而且一切城镇乡村的男女儿童，不分富贵贫贱，都应该进学校。他坚信人受教育而能获得发展的可能性，驳斥“智力迟钝”儿童不宜学习的论调。“人的心性愈是迟钝孱弱，他便愈加需要帮助，使他能尽量摆脱粗犷和愚蠢”；“世上找不出一个人的智性孱弱到了不能用教化去改进的地步”。
第三部分（10-14章），论证改革旧教育的必要性与可能性，创办新学校
作者认为，人人应该受到一种周全的教育，应该借助学校做到：“通过科学与艺术的研究来培植我们的才能；学会语文；形成诚笃的德行；虔诚地崇拜上帝。学校应成为造就人的工场，实现真正的人生目的”。但是在“当时没有一所完善的学校，设立了学校的地方，学校不是为整个社会设立的，而只是为富人设立的；学校教导青年的方法是非常严酷的，学校变成了儿童恐怖的场所，变成了他们的才智的屠宰场，大部分学生对学习与书本都感到厌恶；继续学下去的人都没有获得一种认真的或广博的教育，获得的只是一种荒谬的和害人的教育；学校培养不出合乎德行的品性，培养出的只是一种虚伪的道德外表，一种令人生厌的、外来的文化皮毛和一些专务世俗虚荣的眼光与手脚”。因此，
夸美纽斯特别强调要改革旧教育，创办新学校。其新教育的体系主要有以下内容：(1)一切青年都能受到教育；(2)他们都能学到一切可以使人变成有智慧、有德行、能虔信的科目；(3)教育是生活的预备，能在成年以前完成；(4)实施教育不用严酷或强迫方法，而用温和轻快、自然的方法；(5)这种教育应是真实的、彻底的；(6)教育是轻松的，课堂教学每天只有4小时，一个先生可以同时教几百个学生，而所受的辛苦要比现在教一个学生少10倍。他认为在宇宙万物中存在着一种普遍的自然秩序，并把教育适应自然作为改革学校的主导原则。他要求教师像园丁、画家和建筑师那样步随自然的后尘，从自然中寻找教育工作的秩序。秩序是把一切事物教给一切人们的教学艺术的主导原则。另外还有教学的五项原则：(1)延长生命的原则；(2)精简科目，使知识能够更快地获得的原则；(3)抓住机会，使知识一定能被获得的原则；(4)开发心智，使知识容易获得的原则；(5)使判断力变锐利，使知识能够彻底地被获得的原则。
第四部分（15-19章），详细论证了教学的基本规律和原则
作者指出，良好的学校组织主要在于工作与休息分配得当，有赖于读书、松缓、紧张的间隙与娱乐的分配。教师要引导儿童遵守饮食有节制、身体有运动、注意休息这三个原则，尽可能长久地保持生命与健康。为了使儿童能茁壮成长，作者对教与学提出了一系列要求和建议，如人类的教育要从儿童时期开始；早晨最宜读书；一切学科都应加以排列，使其适合学生的年龄等。夸美纽斯着重对教学的便易性、彻底性和迅速性原则进行了阐述，提出了许多宝贵的建议，如废除强制灌输的方法，多方激发儿童学习的自觉性和主动性；教学应从观察开始，运用直观方法；教学内容的安排要由
易到难，由简到繁，由近及远，从一般到特殊，务使先学的为后学的扫清道路；依据学生的智力特点安排课程；加强练习、实践以巩固知识；实行班级授课制，制定详细的
教学计划等等。
第五部分（20-25章），专门论述教育方法
作者认为，科学是关于自然的知识，讲授科学必须遵守下列规则：(1)向学生讲授所有应该知道的事物；(2)所教的内容能在日常生活中应用；(3)要通过事物的原因去教；(4)先教事物的一般原则，后教事物的细节；(5)一切事物都必须按照适当的顺序去教授；(6)要强调事物之间的区别，使学生得到的知识更清晰和明白。
艺术与实践息息相关，学生学会一种艺术，除了备好工具、材料和模型之外，还需要三件事：材料的正确利用、熟练的指导、经常实践。因此，艺术的教学必须强调模仿、练习和不断的实践。
语文是一种手段，可使我们得到知识，并把知识传授给别人。语文教学要注意掌握语法规则、和事物的学习相联系、多实践运用这三个问题。
在道德教育方法上，他提出了以下建议：(1)主要的德行，如持重、节制、坚忍与正直应当首先培植；(2)持重应当从接受良好的教导，从学习事物间的真正区别和那些事物的相对价值去获得；(3)节制应当在儿童的饮食、睡眠与起床、工作与游戏等方面去培养；（4）坚忍应当从自我克制中学习；(5)德行应该在邪恶尚未占住心灵之前，早早就教；(6)德行是由经常作正当的事情学来的。另外关于教材的问题，他认为《圣经》是知识的唯一真实来源，学生应以全部时间去寻求它们的真实意义。
第六部分（26-33章），讨论学校的管理
夸美纽斯认为，纪律是学校的发动力和推动力。但纪律教育不是强制和鞭挞，应该用良好的榜样、温和的言词，并且不断诚恳地、直率地关心学生，突发的愤怒只能用在例外的情境上面，应当存心使结果能恢复良好的感情。
他认为，人从诞生到24岁是青春岁月，是培植才智的时期。学习应从婴儿期开始，一直持续到成年，这24年的时间可分为四个明显阶段：婴儿期、儿童期、少年期和青年期，每期六年，相应地建立符合其年龄特点的学校。在家庭设立母育学校，由母亲对1—6岁的幼儿进行学前教育，主要锻炼各种感觉器官，使之辨别周围的事物，为以后成长打下基础。在每个乡村和城镇设立国语学校，对所有6—12岁的儿童进行
初等教育，主要利用阅读、书写、图画等方法去训练想象力等。在较大的城市设立拉丁学校，让学生利用
辩证法、文法、修辞学以及其他根据
因果法则的科学与艺术，去领悟感官收集来的知识并加以判断。在国家或省设立大学，对18—24岁青年中的“智者”进行高等教育，学习与意志紧密相关的四科，即“神学教我们恢复灵魂的和谐；哲学教我们恢复心灵的和谐；医学教我们恢复身体上主要功能的和谐；法学教我们恢复外界事务的和谐”。夸美纽斯认为，这四种学校既相联系，又相区别，母育学校和国语学校收容一切男女青年；
拉丁语学校对于志向超出工场以上的学生给予更彻底的教育；大学则训练未来的教师和学者，使教会、学校与国家永不缺乏适当的领袖。最后，他论述了实现他的教育理想应具备的条件，并且呼吁教师、学者、神学家和帝王、官吏全力支持和实现他的教育理想。