依照相关法律法规及国务院行政法规，疫情防控指挥部是临时组建的机构，具体职权由国务院规定，在疫情期间权力是很大的，可以直接通知企业停产的。
一、疫情防控指挥部在疫情中主要行使行政权力如下：
1、颁布行政命令：疫情防控指挥部通过发布行政命令来调整全国疫情防控的具体程序，例如对外线上会议的具体管理办法、针对市民秩序管理的处置程序等；
2、拨款给医疗机构：疫情防控指挥部给予医疗机构财政补助、物质支持等，以帮助医疗机构加强疫情防控相关的重点工作，改善医院的办公环境，提高医护人员的防护水平等；
3、限制公共活动及出行：疫情防控指挥部实施一系列公共活动限制及出行管制，如全面取消或限制开假日宴会、实行夜间宵禁等，以及定期实施乘车登记等措施；
4、加强发热病人病情追踪：疫情防控指挥部在发热病人出院时会组织追踪病人治疗状态，确保对发热病人的护理有条不紊、病情及时得以处理。
二、疫情防控归哪管？
疫情防控归疫情防控指挥部管理。强化重点环节疫情防控。切实落实好医疗机构预检分诊、发热门诊、院感防控等各项举措，严格落实探视、陪护相关规定。村卫生室、个体诊所一律不得收治发热病人。全区零售药店对销售的（含网络销售）退热、止咳、抗病毒和抗生素等“四类药品”要实名记录、每日上报。
综上所述，疫情防控指挥部行使的职权包括：颁布行政命令调整全国疫情防控程序；拨款给医疗机构加强疫情防控相关重点工作；限制公共活动及出行，如取消或限制开假日宴会、实行夜间宵禁等；加强发热病人病情追踪。
【法律依据】：
《中华人民共和国传染病防治法》第四十二条
传染病暴发、流行时，县级以上地方人民政府应当立即组织力量，按照预防、控制预案进行防治，切断传染病的传播途径，必要时，报经上一级人民政府决定，可以采取下列紧急措施并予以公告：
（一）限制或者停止集市、影剧院演出或者其他人群聚集的活动；
（二）停工、停业、停课；
（三）封闭或者封存被传染病病原体污染的公共饮用水源、食品以及相关物品；
（四）控制或者扑杀染疫野生动物、家畜家禽；
（五）封闭可能造成传染病扩散的场所。
上级人民政府接到下级人民政府关于采取前款所列紧急措施的报告时，应当即时作出决定。
紧急措施的解除，由原决定机关决定并宣布。
温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考