微生物计数方法有：血细胞计数法、稀释涂布平板法、滤膜法、比浊法、显微镜直接计数法等等。
1.血细胞计数法
将稀释的菌液样品滴在
血细胞计数板上，在显微镜下计算4~5个中格的细菌数，并求出每个小格所含细菌的
平均数，再以此为依据，估算总菌数。
①此法的缺点是不能区分死菌和活菌。
②对压在小方格界线上的细菌，应当取
平均值计数。
③此法可用于测定培养液中
酵母菌种群数量的变化。
2.稀释涂布平板法
原理：每个活细菌在适宜的
培养基和良好的生长条件下可以通过生长形成菌落。培养基表面生长的一个菌落，来源于样品稀释液中的一个活菌。
①这一方法常用来统计样品中活菌的数目
②统计的菌落数往往比活菌的实际数目低，原因是当两个活多个细胞连在一起时，平板上观察到的只是一个菌落。因此统计结果一般用菌落数而不是用活菌数来表示。
③土壤、水、牛奶、食品和其他材料中所含细菌、酵母、芽孢与孢子等的数量均可用此法测定。但不适于测定样品中丝状体微生物，例如放线菌或丝状真菌或丝状
蓝细菌等的营养体等。
④此法若不培养成菌落，可通过将一定量的菌液均匀地涂布在玻片上的一定面积上，经固定染色后在显微镜下计数，这样又称涂片计数法。染色可用台盼蓝，台盼蓝能使死细胞染成蓝色，可分别计数死细胞和活细胞。