一、形态不同
1、细菌：球菌外形呈圆球形或椭圆形的细菌。杆菌外形为杆状的细菌称杆菌，常有长宽接近的短杆或球杆状菌。
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2、细胞：细胞体形极微，在显微镜下始能窥见，形状多种多样。主要由细胞核与细胞质构成，表面有细胞膜。高等植物细胞膜外有细胞壁，细胞质中常有质体，体内有叶绿体和液泡，还有线粒体。
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二、发现不同
1、细菌：细菌最早是被荷兰人列文虎克（AntonievanLeeuwemhoek，1632-1723）在一位从未刷过牙的老人牙垢上发现的，但那时的人们认为细菌是自然产生的。
直到后来，巴斯德用鹅颈瓶实验指出，细菌是由空气中已有细菌产生的，而不是自行产生，并发明了“巴氏消毒法”，被后人誉为“微生物之父”。
2、细胞：细胞（Cells）是由英国科学家罗伯特·胡克（RobertHooke，1635～1703）于1665年发现的。当时他用自制的光学显微镜观察软木塞的薄切片，放大后发现一格一格的小空间，就以英文的cell命名之。
三、种类不同
1、细菌：根据形状分为三类，即：球菌、杆菌和螺旋菌（包括弧菌、螺菌、螺杆菌）。按细菌的生活方式来分类，分为两大类：自养菌和异养菌。
2、细胞：细胞种类有真核细胞，原核细胞，古核细胞。
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