深圳国资委控股的公司包括但不限于：深圳市投资控股有限公司、深圳地铁集团有限公司、深圳市机场（集团）有限公司、深圳市盐田港集团有限公司等。
深圳市投资控股有限公司作为深圳国资委控股的重要企业之一，主要职能是根据市国资委授权对部分市属国有企业行使出资人职责；作为深圳市属国企重要投融资平台，积极参与市属国企并购重组、股权投资，盘活国有资产存量，助力国企改革发展。公司注册资本285.09亿元，资产总额超2000亿元，旗下拥有全资及控股企业41家。
深圳地铁集团有限公司是负责深圳市城市轨道交通建设、运营和管理的大型国有独资企业。深圳地铁秉承“经营地铁，造福城市，服务社会”的宗旨，致力于发展轨道交通产业，不断提升城市轨道交通建设和运营水平，为城市经济社会发展作出积极贡献。
深圳市机场（集团）有限公司是负责深圳宝安国际机场建设、运营和管理的国有独资企业。深圳宝安国际机场是中国重要的航空枢纽之一，拥有完善的国内外航线网络，为旅客提供高效、便捷、安全的航空运输服务。
深圳市盐田港集团有限公司是负责盐田港区建设、运营和管理的国有独资企业。盐田港是中国重要的深水良港之一，拥有完善的集装箱运输体系，为国际贸易提供便捷、高效的物流服务。