机构性质不同；科学成就不同
机构性质不同
中国科学院为中国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构、自然科学与高技术综合研究发展中心。是国家在科学技术方面的最高咨询机构。负责对国家科学技术发展规划、计划和重大科学技术决策提供咨询。
中国工程院是中国工程技术界最高荣誉性、咨询性学术机构，国务院直属事业单位。具有很高的工程科学技术水平和在国际上享有良好声誉，对中国工程科学技术事业发展做出贡献或在促进我国工程科学技术界国际交往方面有重要作用的外国籍专家、可被提名并当选为中国工程院外籍院士。
科学成就不同
中国科学院提出了建设国家创新体系的构想，先后实施知识创新工程、“创新2020"、《"率先行动"计划暨全面深化改革纲要》，提出了《迎接知识经济时代，建设国家创新体系》、《创新促进发展，科技引领未来》、《创新2050∶科学技术与中国的未来》等战略研究报告。
中国工程院先后开展联合培养博士生试点工作，实施了教育部工程科技人才培养研究专项、工程科技人才培养课题研究、举办国际工程科技发展战略高端论坛等论坛会议。在工程科学技术方面作出重大的、创造性的成就和贡献，热爱祖国，学风正派，品行端正。
中科院
中国科学院（英文名称：ChineseAcademyofSciences，简称中科院）成立于1949年11月，为中国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构、自然科学与高技术综合研究发展中心。
中国科学院提出了建设国家创新体系的构想，先后实施知识创新工程、“创新2020”、《“率先行动”计划暨全面深化改革纲要》，提出了《迎接知识经济时代，建设国家创新体系》、《创新促进发展，科技引领未来》、《创新2050：科学技术与中国的未来》、《科技发展新态势与面向2020年的战略选择》等战略研究报告。
据2021年11月中国科学院官网显示，全院共拥有11个分院、100多家科研院所、3所大学（中国科学院大学、中国科学技术大学，与上海市共建上海科技大学）、130多个国家级重点实验室和工程中心、68个国家野外观测研究站、20个国家科技资源共享服务平台，承担30余项国家重大科技基础设施的建设与运行，正式职工6.9万余人，在学研究生7.9万余人；建成了完整的自然科学学科体系，物理、化学、材料科学、数学、环境与生态学、地球科学等学科整体水平已进入世界先进行列，一些领域方向也具备了进入世界第一方阵的良好态势。在解决关系国家全局和长远发展的重大问题上，已成为不可替代的国家战略科技力量。一批科学家在国家重大科技任务中发挥了关键和中坚作用，并作为我国科技界的代表活跃在国际科技前沿。2019年9月，经党中央批准，十九届中央第四轮巡视将对中国科学院党组织开展常规巡视。
工程院
中国工程院（英文名称：ChineseAcademyofEngineering，简称工程院）于1994年6月3日在北京成立，是中国工程技术界最高荣誉性、咨询性学术机构，国务院直属事业单位。
中国工程院先后开展联合培养博士生试点工作，实施了教育部工程科技人才培养研究专项、工程科技人才培养课题研究、《中国制造2025》，举办国际工程科技发展战略高端论坛、中国工程管理论坛、冶金与材料工程学术会议等论坛会议。
截至2021年11月，中国工程院共有院士971人、外籍院士111人，已故院士255人、已故外籍院士19人，建有7个专门委员会、9个学部。2019年9月，经党中央批准，十九届中央第四轮巡视将对中国工程院党组织开展常规巡视。
2021年11月18日，2021年两院院士增选结果正式揭晓，中国工程院增选院士84人。本次增选后，中国工程院院士总数为971人，外籍院士总数为111人。