肝门静脉是肝脏的主要血管系统——肝门静脉系的核心，其长度大约在6-8厘米，直径约1.0-1.2厘米。它主要由两部分构成：肠系膜上静脉和脾静脉，在胰腺头部和身体交界处后方汇合，位置相当于人体的第2腰椎高度。这条静脉向右上方向行，进入肝十二指肠韧带，然后在肝固有动脉和胆总管后面上行至肝门，进入肝的左、右叶内，经过反复分支最终汇入肝血窦。肝血窦内的血液与来自肝固有动脉的分支混合，形成小静脉，再逐渐汇入肝静脉。
关于肝门静脉的组成类型，中国统计数据显示，有三种常见的组合：第一种，脾静脉和肠系膜上静脉构成（约占52.02%），肠系膜下静脉注入脾静脉；第二种，包括脾静脉、肠系膜上静脉和肠系膜下静脉（占13.29%）；第三种，脾静脉和肠系膜上静脉，而肠系膜下静脉注入肠系膜上静脉（占34.69%）。
肝门静脉的主要分支有脾静脉，它在脾门处汇集小静脉，沿胰腺后方右行，与肠系膜上静脉汇合。其他分支如肠系膜上静脉，负责收集小肠至结肠左曲以上的血液，脾静脉则收纳脾、胰和部分胃的静脉血，还包括肠系膜下静脉，它收集降结肠、乙状结肠及直肠上部的血液。胃左静脉和胃右静脉分别伴行于胃左动脉和胃右动脉，收纳胃及食管的血液。胆囊静脉则收纳胆囊壁的静脉血，可能注入肝门静脉。附脐静脉则起于脐周，注入肝门静脉，门脉高压时，此处静脉可能出现曲张。
肝门静脉的作用是主要是将小肠吸收的营养物质运送到肝脏进行解毒，是由静脉到静脉的血管。同时，通过肝门静脉，上、下腔静脉相通。当产生病变时，静脉可经门静脉系统回血入心脏。