小作坊食品生产许可证办理流程如下：
1、到当地市场监督管理局或线上提交如下资料：
（1）食品生产许可申请书；
（2）食品生产设备布局图和食品生产工艺流程图；
（3）食品生产主要设备、设施清单；
（4）专职或者兼职的食品安全专业技术人员、食品安全管理人员信息和食品安全管理制度。
（5）食品生产加工场所及其周围环境平面图
（6）食品生产功能区间布局平面图
（7）授权委托书（法定代表人或负责人委托他人办理时提供）
（8）营业执照复印件
2、审核通过后，决定许可并制作食品生产许可证。在一定时间内通知申请人来领取食品生产许可证。
线上办理流程是：
一、系统登录
正式环境登录直接在浏览器中输入北京市企业服务 e 窗通平台的网址https://banshi.scjgj.beijing.gov.cn，可进入平台首页。
点击平台首页右上方“法人服务”
系统提供证书登录、口令登录、电子营业执照、事业单位电子证照登录四种方式。完成登录后进入网上办事页面。
二、食品生产加工小作坊许可新办
1、企业登录后，进入办理事项页面。
2、办理事项中，点击【食品生产加工小作坊许可新办】进入食品小作坊食品安全告知书页面。
3、阅读完小作坊食品安全告知书后点击【我已知晓】进入代理委托页面在授权委托书页面。
4、在授权委托书页面选择是否为法定代表人本人办理，选择【是】
直接进入小餐饮经营许可新办申请申报填写页面，选择【否】需填写
委托信息后点击【下一步】，进入小餐饮经营许可新办申请申报填写
页面。
5、填写【基本信息】、【产品类别及品种名细】、【从业人员】、
【生产设备、设施一览表】、【原辅材料、食品添加剂、包装材料一
览表】中的信息。
添加产品类别及品种名细则先选择食品类别，类别名称后点击添
加后页面自己跳转到产品明细页面，选择产品明细后点击保存。
6填写信息后，点击【下一步】选择提交方式
7、如果选择线上办理，则需要上传申请材料；选择线下办理，
需要勾选你提交的材料信息
8、提交后在我的业务中可查看详细信息，取消提交。
食品小作坊需要办理的证件如下：
1、工商营业执照，到所在地市场监督管理部门办理工商营业执照;
2、食品生产加工小作坊许可证，到所在地市场监督管理部门申请登记办理。
食品生产许可证办理的注意事项有：
1、食品生产者应当妥善保管食品生产许可证，不得伪造、涂改、倒卖、出租、出借、转让。
2、食品生产者应当在生产场所的显著位置悬挂或者摆放食品生产许可证正本。
3、食品生产许可证有效期内，食品生产者名称、现有设备布局和工艺流程、主要生产设备设施、食品类别等事项发生变化，需要变更食品生产许可证载明的许可事项的，食品生产者应当在变化后10个工作日内向原发证的市场监督管理部门提出变更申请。
4、食品生产者的生产场所迁址的，应当重新申请食品生产许可。
5、食品生产许可证副本载明的同一食品类别内的事项发生变化的，食品生产者应当在变化后10个工作日内向原发证的市场监督管理部门报告。
6、 食品生产者终止食品生产，食品生产许可被撤回、撤销，应当在20个工作日内向原发证的市场监督管理部门申请办理注销手续。
7、有下列情形之一，食品生产者未按规定申请办理注销手续的，原发证的市场监督管理部门应当依法办理食品生产许可注销手续，并在网站进行公示：
（一）食品生产许可有效期届满未申请延续的；
（二）食品生产者主体资格依法终止的；
（三）食品生产许可依法被撤回、撤销或者食品生产许可证依法被吊销的；
（四）因不可抗力导致食品生产许可事项无法实施的；
（五）法律法规规定的应当注销食品生产许可的其他情形。