时间上先是
仙三→三外→仙一→
仙二 三代的
景天是逍遥的师爷，而紫萱是
灵儿的外婆，而三外更将一代和三代连在一起。
三外中，出现了酒剑仙（司徒钟）、剑圣（独孤宇云）、镇狱明王（殊明）、巫后（青儿）、李三思等一代的人物，并交代了他们的故事，也破解了一些一代的谜团，如锁妖塔的变化、镇狱明王守塔的原因、李三思的婚姻等
仙剑4的剧情跟前面1 2 3 外传没有什么关联，是独立的剧情。
仙剑4与前几作的关系，很少，游戏内只出现两点
第一点，
陈州有个分支，大致是遇到了一个纨绔子弟，很喜欢画画作诗实际上却没什么艺术功底- -；还死磕非说自己是书香门第如何如何，最后主角一行看到他在卖画，虽然没人买，还被嘲笑，但后来天河知道他是为了救自己被人陷害生病的父亲才这么做的，于是一行帮了这位少爷，取了钱给他，这个小少爷姓景，他的后代会大富大贵，不用我说是谁了吧。
在前往鬼界的时候，有一个分支路口可以发现一个插着剑的骷髅，一行走近之后，正欲拔剑，紫英警觉到这把剑上有很重的妖气，突然剑中的守护灵飞出，自称“
小葵”，告诉众人这是一把魔剑，它吞噬了无数想要得到魔剑力量的人的生命，并忠告主角一行不要拿魔剑，紫英安慰小葵说自己的力量足够驾驭魔剑，小葵感觉到了紫英的灵力后，放心让紫英取下了魔剑，紫英拔剑也是为了不让魔剑继续祸害世人。
但是魔剑不能装备是个遗憾，而魔剑是啥，小葵是谁也不用我说了吧