质粒DNA提取与细胞基因组DNA提取在目标提取、原理和复杂性上存在显著差异，但都共享着某些基本步骤。
不同点：
提取方法：质粒DNA主要采用CTAB法，物理方式包括玻璃珠法、超声波、研磨和冻融，化学方法有异硫氰酸胍法和碱裂解法，还有酶法；而细胞基因组DNA提取则更为广泛，需要考虑核酸完整性、有机溶剂和金属离子的控制，以及去除其他生物大分子和RNA。
提取原理：质粒DNA提取涉及三种特定溶液和硅酸纤维膜，过程相对明确；细胞基因组DNA提取则要求更严格的控制条件和步骤，如SDS裂解、酶降解和多重除蛋白步骤，以确保纯度。
复杂程度：质粒DNA提取较为简单，通常通过沸水浴和碱裂解完成，过程清晰明了；而细胞基因组DNA提取过程冗长，涉及多个步骤和条件选择，如革兰氏阳性细菌的特殊处理。
相同点：
无论质粒还是细胞基因组DNA，两者提取的核心目标都是去除RNA、蛋白质和其他杂质，以确保最终产物的纯度。