巧了，我最近也发现了这个问题。
mkv是在其他格式的基础上封装的视频格式，比如用MKVTool工具把MP4-264的超清视频，加上外挂字幕-加上外挂音轨，然后封装成mkv的一个720P的内封字幕视频。
因为是内封字幕的原因，播放的时候虽然是同步，但是截取的时候qq影音无法根据视频和音轨和字幕渲染进度调整。所以截取出来的mkv片段是无法做到音轨和字幕同步的。
有些mkv内封甚至播放的时候都会有延迟，QQ影音可以手动调节。
内封字幕和外挂字幕制作的不好的话都会存在这种问题。但是播放调节字幕无法作用到截取后的视频。
通过工具可以看到，当前mkv视频，内封的字幕和音轨信息。
并且超清格式的视频用qq影音截取，如果你是截取一个8秒的视频片段，那么截取后保存下来一般会损失前后几秒的帧率，也就保存下来后就可能只有5-6秒。
综上：用qq影音截取mkv 内封字幕的视频，要音轨和字幕同步的话，只有两种方案。
@1第一种：将源mkv视频转换格式，通过qq影音自带的转码，非常耗时，而且转码为mp4后依然有可能存在字幕与音轨不同步的情况，这个究其原因就是mkv视频本身的问题。
@2第二种，利用工具将mkv的音轨和字幕分离，截取视频，分段截取音轨，字幕。然后将截取视频、字幕、音轨利用工具手动铺设合成（会声会影什么的都可以）。这样手动合成的话就完全同步了。但是相对耗时。
MKVTool工具可以去了解下，这个工具在重新封装mkv视频的时候好像有个调节字幕延迟的功能，但是具体我没有用过，只是知道有这么个功能，楼主自己可以去尝试研究一下。这个功能应该可以从封装的根源上解决音轨与字幕不同步的问题，
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第1个回答 2013-06-16
停止了再点播放试试，反正有记忆播放功能，你停止了再播放还是在刚刚哪儿接着放。或者把QQ影音关闭再打开
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