1、政治
明朝：采用内阁制度、六部制度。明朝在中央和南京各设置吏、户、礼、工、刑、兵六部。大理寺与刑部和都察院合为三法司，其职权与今日之最高法院相似。
明朝主要的情报机构包括锦衣卫、东厂和西厂，锦衣卫负责侦查国内外情报，直接对皇上负责，拥有可以逮捕任何人，并进行秘密审讯的权利。东厂主要职责就是监视政府官员、社会名流、学者等各种政治力量，并有权将监视结果直接向皇帝汇报。
元朝：元朝地方最高行政机构，并为一级政区名称。简称行省，或只称省。行省下有道、路、府、州、县、基层行政设施。采用“民分四等”的政策，把中国人分为四等：一等蒙古人，二等色目人，三等汉人，四等南人。这一政策维护蒙古贵族的特权。
2、军事
明朝：卫所制为在全国各地军事要地设立卫所驻军，卫有军队五
千六百人，其下依序有千户所、百户所、总旗及小旗等单位，各卫所都隶属于五军都督府，亦隶属于兵部，有事从征调发，无事则还归卫所。军队来源为世袭的军户，由每户派一人为正丁至卫所当兵，军人在卫所中轮流戊守以及屯田，屯田所得以供给军队及将官等所需。
其目标在养兵而不耗国家财力，但宣宗以后渐无法维持，军人生活水平及社会地位日渐低下，逃兵也逐渐增加，军备因此逐渐废驰。
元朝：元代军事防卫分为两大系统，即戍卫京师（大都）的宿卫系统和镇守全国各地的镇戍系统。宿卫军队由怯薛军和侍卫亲军构成。忽必烈建国后，保留了成吉思汗创立的四怯薛轮番入侍之制，用他们列值禁庭以充护卫侍从，常额在万人以上，由皇帝或亲信大臣直接节制。
侍卫亲军用于环卫京畿，到元朝末年先后置三十余卫，卫设都指挥使或率使，品秩与万户相当（正三品），隶属于枢密院。进入内地的色目人军队，由于战斗力较强，相当一部分被编入侍卫亲军。镇戍诸军的布局，腹里主要由蒙古军和探马赤军戍守。
华北、陕西、四川等地的蒙古、探马赤军由各地区的蒙古军都万户府（都元帅府）统领，隶属于枢密院。南方以蒙古军、汉军、新附军相参驻戍，防御重点是临江沿淮地区。
隶属行省的镇戍诸军，方面有警时由行枢密院统领；平时日常事务归于行省，但调遣更防等重要军务仍受枢密院节制。全国军马总数，只有皇帝和枢密院蒙古官员知道，行省兵马也只有为首的蒙古官员知道。
3、经济
明朝：明朝无论是铁、造船、建筑，还是丝绸、纺织、瓷器、印刷等方面，在世界都是遥遥领先，产量占全世界的2/3以上，比农业产量在全世界的比例还要高得多。明朝民间的手工业不断壮大，而官营却不断萎缩。
元朝：蒙古人是游牧民族，草原时期以畜牧为主，经济单一，无所谓土地制度。攻打华北时，惨酷的屠杀和劫掠带来很大的破坏。灭金国后，在耶律楚材劝谏下，成吉思汗同意复苏农业，鼓励汉人垦殖以期长治久安。 忽必烈即位之后，实行一些鼓励生产、安抚流亡的措施。
到元朝时，由于经济作物棉花不断推广种植，与棉纺织品在江南一带都比较兴盛。
4、文化
明朝：明代文学以小说达到的艺术成就最高，创作了大量的以历史、神怪、公案、言情和市民日常生活为题材的长篇章回小说和短篇的话本、拟话本。一些文人加工改写了宋元话本，还创作拟话本。“三言”、“二拍”就是这种话本和拟话本的代表作。
元朝：元朝的戏曲，即元曲，分成散曲与杂剧，散曲具有诗歌独立生命，杂剧则具有戏剧的独立生命。当时城市繁华，元廷不重视中国文学与科举，当时社会提倡歌舞戏曲作为大众的娱乐品，这些都使宋、金以来的戏曲升华为元曲。
散曲是元代的新体诗，也是元代一种新的韵文形式，以抒情为主，主要给舞台上清唱的流行歌曲，可以单独唱也可以融入歌剧内，与唐宋诗词关系密切。
5、科技
明朝：1637年，宋应星在《论气·气声》中对声音的产生和传播作出了合乎科学的解释，认为声音是由于物体振动或急速运动冲击空气而产生的，并通过空气传播，同水波相类似。十四世纪中叶的《白猿献三光图》载有132幅云图，并与天气变化联系起来，绝大部分与现代气象学原理相一致。
元朝：元朝在天文历法方面比较发达，元世祖邀请阿拉伯的天文学家来华，吸收了阿拉伯天文学的技术，并且先后在上都、大都、登封等处兴建天文台与回回司天台，设立了远达极北南海的27处天文观测站，在测定黄道和恒星观测方面取得了远超前代的突出成就。
参考资料来源：百度百科-元朝
参考资料来源：百度百科-明朝
明朝（1368－1644年）是中国历史上最后一个由汉族建立的封建王朝。1368年由明太祖朱元璋建立，历经十二世、十六位皇帝，国祚276年。明初定都于应天府，1421年迁都至顺天府，而应天府改称为南京。因明朝的皇帝姓朱，故又称朱明。1644年，李自成攻入北京，明毅宗朱由检于煤山自缢，明亡。随后，满清入主中原，1662年永历帝朱由榔被杀，1683年清军占领台湾，明郑结束。明朝是中国继周朝、汉朝和唐朝之后的繁盛时代，史称“治隆唐宋”、“远迈汉唐”。 大明，无汉唐之和亲，无两宋之岁币，天子御国门，君主死社稷，为后世子孙所敬仰。
起止时间不同：元朝（1271—1368年)，明朝（1368－1644年）
历史地位不同：元朝是中国历史上第一个由少数民族建立的大一统帝国。明朝是中国历史上最后一个由汉族建立的封建王朝
开国皇帝不同：元朝是成吉思汗建，忽必烈改国号，明朝是朱元璋建的。
经济发展状况不同：明朝出现了资本主义关系的萌芽。本回答被网友采纳