中药指纹图谱在实际应用中面临着一些挑战，主要体现在以下几个方面：
首先，中药来源的复杂性是关键问题。由于中药材受到品种、产地、环境、管理、采收期和炮制工艺等多种因素的影响，其指纹图谱具有一定的变异性，这不利于图谱的一致性和应用。为了确保标准指纹图谱的稳定性和代表性，需要选取来源稳定、工艺可靠的药材，并确保其质量可控。
其次，新技术的应用在中药研究中显得滞后。中药体系的复杂性要求在分离与检测上采用更为先进的方法，然而目前的单一分离模式和传统检测手段可能无法全面捕捉信息。为了提高信息的完整性，需要开发和应用更为先进的技术手段。
再者，实验室条件和仪器设备的标准化程度不足，导致不同实验室之间的指纹图谱重现性差，限制了其广泛应用。建立“标准图谱”的关键在于规范实验条件和提升仪器设备的标准化水平。
最后，对大量化学信息的处理和特征识别方法仍有待完善。指纹图谱的特征性不明确，其与药理作用的直接关联性研究也相对匮乏。例如，隋因等人的研究通过血清指纹图谱探讨红花对豚鼠心脏的作用，为中药复方有效成分与药理学之间的关联研究提供了启示，但这一领域仍有待深入研究。
中药指纹图谱是指某些中药材或中药制剂经适当处理后，采用一定的分析手段，得到的能够标示其化学特征的色谱图或光谱图。 中药指纹图谱是一种综合的，可量化的鉴定手段，它是建立在中药化学成分系统研究的基础上，主要用于评价中药材以及中药制剂半成品质量的真实性、优良性和稳定性。“整体性”和“模糊性”为其显著特点。