一、系统育种的意义
凡是利用自然界现有的变异，经过选择培育而成新品种的方法称为系统育种法，又称选择育种法。这一方法在自花授粉、常异花授粉药用植物的育种中广泛应用。从育种方法的发展来看，首先出现的是引种、系统育种，然后是杂交育种。它们是早期育种的主要方法，通常称之为常规育种，以区别于后来才出现的新技术育种。新技术育种包括杂种优势利用，诱变育种、单倍体、多倍体育种、体细胞杂交、基因工程等。此外尚有侧重于某一育种目标的育种，如抗病育种、矮化育种、品质育种、高光效育种等。
系统育种是简单易行，见效甚快的方法，特别适合于群选群育工作。此法在各国育种的初期阶段都发挥过重要作用。贝母新品种新岭一号，元胡新品种大叶元胡，乌头良种川药一号等都是用系统育种法育成的。
二、系统育种的理论基础
丹麦植物育种家约翰生创立的纯系统学说，长期以来被作为系统育种的理论基础之一。所谓纯系，是指自花授粉作物通过连续自交，基因型逐渐纯化。纯合体产生的后代，个体之间的基因是相同的，所以性状稳定不再分离。因此，在一个纯系内选择是没有效果的。但是，由于天然杂交，基因突变，以及外界条件的改变等影响了植物体的新陈代谢，使个别植株发生了质的变化，原来的纯系就会变得不纯，因此仍然可以选出新品种来。
系统选育是利用自然界中已有的变异为基础，自然界中变异的来源有以下几个方面。
（一）天然杂交
自花授粉植物的显著特点是能保持后代基本不变，但自然界没有绝对的自花授粉植物，从已观察到的几种重要药用植物来看，大部分是异花授粉（贝母、黄芪、地黄、元胡）和常异花授粉（人参、西洋参、白术、洋地黄、蛔蒿等），因此天然异交率是很高的。
（二）基因突变
人参的浆果成熟后一般是鲜红色，但也偶尔出现黄色者。中国农业科学院特产研究所从人参中选出黄果型人参，经繁殖后得到了黄果人参类型，这是控制果色的基因发生了突变的例子。
（三）新品种性状的分离
杂交育成的新品种，其性状并没有完全稳定，往往发生分离，出现变异类型。
三、系统育种的环节和程序（一）系统育种的技术环节首先应从已在当地大面积推广的品种中进行选择，要对该品种进行比较分析，明确哪些优良性状可以利用，哪些缺点需要克服，然后针对原有品种的主要缺点，在选株时尽量避开缺点，使新选育出的品种在原来基础上有较大的提高。
其次要从新选育成的品种或外地引进的品种中进行选择，因为这类品种继续处于分离状态，特别是引进的品种，在新的环境条件下性状分离明显，通过选择可以分离出比原品种更好的类型。
再次要在具有代表性并尽可能均匀一致的地块上进行选择，尽量排除不遗传变异的干扰，保证选出可以遗传的优良单株。
此外还应注意在有关性状表现明显的关键时期进行选择，如越冬的药用植物出苗时看耐寒性；从出苗、回苗期比较其生育期长短；干旱或多雨年代观察其抗旱性和耐涝性；病害流行年份选择抗病植株；根茎类药用植物最好在挖根时选择；果实、种子类药材在采种时选择。将各阶段的情况与最终产量、含量加以综合评价，使选择更可靠。要在综合性状基础上确定好重点性状，只要重点性状优点突出，其它性状没有太突出的缺点就可以入选，对于某些表现突出但还存在某些缺点的单株，可用复交、回交等方法加以改进。任何药用植物品种都必须以产量高、质量符合标准为基础。
田间选择还要有一定的数量，只有选择较大量材料，才不致使真正好的材料漏选，从而有利于优中选优。例如人参的系统育种，选6年生的优良单株秋栽，第二年一部分不能出苗，出苗的有一部分因种种原因不能收到种子，如果选株太少就不能保证数量和质量。
（二）系统育种的程序
系统育种的程序，因育种目标、育种材料的遗传基础及选择方法不同，其繁简有较大差异，一般的程序如下：
1.原始材料圃
将原始材料栽植或播于原始材料圃进行详细观察，掌握其特征特性及个体变异情况，根据育种目标从中选择优良单株。
2.选种圃
对原始材料圃或具有代表性的产区基地选择来的优良单株分别编号，当年秋天（如人参、元胡、贝母等）或第二年春天（如薏苡、决明、红花等），按株系或小区播种，以原品种作对照，从中选优，于下年（一年生）或下一个生育周期参加品系鉴定试验，个别表现优异但还有分离、植株参差不齐的株行或小区可按第一次方法再选优良单株，播成株行或小区继续比较，选择。特优品系可越级参加品种比较试验。
3.鉴定圃
对经选种圃选出的株系，要鉴定株系的优劣，包括长势好坏，性状如何，产量高低以及质量等初步评定。根据种子、种苗数量，小区宜大，并设重复，认为确实表现优良的品系可升入品种比较试验。
4.品种比较试验
种植鉴定圃升级的品系，最后肯定新品种的优良性。如果参加试验的品系较多，每个材料的种子或栽子量又少，可先进行一年的品种预备试验，淘汰一部分不合格的品系。品比试验要精确、有重复，土地及栽培条件能代表当地的一般水平。通过二年以上的试验、选出比对照明显增产的1—2个品种参加区域试验和生产试验，最后报请有关部门审定，新品种方可正式定名推广生产。