“营改增”已从当初的“1＋6”扩展到“3+7”，覆盖交通运输、邮政、电信业和研发技术、信息技术、文化创意、物流辅助、有形动产租赁、鉴证咨询、广播影视7个现代服务业。2015年“营改增”扩围还将继续，步伐越来越快。但我们必须清醒地看到，“营改增”过程中还存在诸多的问题亟待解决，否则会产生一些负面影响。
问题之一，“营改增”后相关税收法律法规修订相对滞后。“营改增”并不是简单的税种转换问题，它是税收制度的改革，是一个税种取代另一个税种。然而，“营改增”的依据却是财政部和国家税务总局联合印发的规范性文件。“规范性文件”级次低，假若在“营改增”过程中发生了征纳争议，就会给税收执法和税收征管工作带来一定的困难或麻烦。
基于此，如果将营业税的课税对象或征收范围全部纳入增值税的范畴，那就应尽快修订增值税暂行条例和实施细则，废除营业税暂行条例和实施细则，重新明确界定增值税的应税劳务。假若保留部分营业税行业和应税劳务的话，就应该同时修订增值税和营业税暂行条例及实施细则。
问题之二，“营改增”后国税机关和地税机关之间税收征管衔接的问题。“营改增”并非管户一交接了事，看似简单，做起来相当复杂。在实践中，地税机关与国税机关之间管户清单移交了，而管户的历史资料、税源情况和欠税处理情况等，不一定完全移交。譬如，欠税的处理问题，结点前地税机关不可能完全把欠税追缴清，而结点后改为增值税，地税部门把管户移交给国税部门后也不再征管营业税，国税部门又不能征收营业税，从而造成了欠税追缴工作的困难，容易造成税收的流失。又如，增值税和营业税两个税种在税制的设置上差异性很大，两个税种的征管方式和税收政策大相径庭，该如何实现对接？显然，征管衔接的难度很大。营业税征管范围广泛，税目、税率设置较多，但不需要划分纳税人类别，而增值税还要划分一般纳税人和小规模纳税人。特别是营业税的免税范围、减免税项目和税收优惠政策极多，改为增值税后如何沿用，又怎样对接，亟待研究解决。
问题之三，“营改增”后地税机关主体税种缺失和税收收入调整的问题。“营改增”不光是税制的重大改革和调整，也给主管税务机关带来很大的影响。就地税机关而言，随着“营改增”扩围逐步推进，地税机关目前唯一称得上或认可的主体税种——营业税就会逐渐消失，地税收入也会急剧下降。从近几年全国营业税占地方税收收入的比重来看，大概占1/3还要强。
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