根据上述职责，市卫生局设13个职能处室：
（一）办公室
组织协调局机关日常工作；拟订工作制度、工作计划并监督实施；负责局机关文电、会务、档案、机要、保密、保卫、行政后勤管理、安全生产、政务公开、信访、督查督办、提案建议办复、对外联络、接待、目标绩效考核和信息化建设等工作。
（二）组织人事处（挂离退休干部处牌子）
拟订全市卫生人才发展规划并组织实施；指导全市卫生事业单位人事制度改革工作；负责局机关和所属单位的人事管理、机构编制等工作；负责局机关和所属单位的思想政治工作和队伍建设，协助做好直属单位领导班子建设；负责局机关离退休人员的管理服务工作，指导所属单位离退休人员的管理服务工作。
（三）规划财务处
拟订全市卫生事业发展规划、区域卫生规划并组织实施；规划、协调全市卫生资源配置；组织编制局机关财务预、决算；负责局机关财务、会计业务事项及财务管理工作，指导预算管理单位的财务和基本建设工作；负责局机关国有资产管理工作，指导预算管理单位的国有资产管理工作；承担全市卫生统计工作。
（四）卫生应急办公室（挂市突发公共卫生事件应急指挥中心牌子）
拟订卫生应急救援规划、制度、预案和措施并组织实施；依法组织协调突发公共卫生事件的应急处置工作；指导和组织突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、分析评估等卫生应急活动；组织、指导卫生应急培训和演练活动；组织、协调对重大自然灾害、事故灾难、社会安全事件及核事故、辐射事故等突发事件医疗卫生应急处置和医学救援工作；组织实施对突发急性传染病防控和应急措施；承担突发公共卫生事件应急处置信息的有关工作；指导区（市）突发公共卫生事件应急处置工作。
（五）政策法规处
组织起草全市有关卫生工作的政策、法规、规章并监督实施；拟订综合性卫生体制改革方案并协助实施；承担局机关规范性文件的合法性审查；承办相关行政复议、行政诉讼和卫生行政执法工作，组织开展卫生普法宣传工作。
（六）医政与妇幼卫生处
拟订医疗机构、医疗技术应用、医疗质量和服务、采供血机构管理等有关政策、规范、标准并组织、指导实施；负责全市医疗机构准入管理，依法管理医疗卫生机构；承担实施执业医师、护士执业资格制度的有关工作；指导医疗机构医疗质量、安全、服务和评价等工作，建立全市医疗质量评价和监管体系，协调处理医疗纠纷；依法监督血站采供血及临床用血质量；指导医院药事、临床重点专科建设、医院感染控制和临床实验室管理等有关工作；负责医疗急救体系建设，参与对突发公共卫生事件和其他突发重大人员伤亡事件的紧急医学救援工作；指导初级卫生保健规划的实施；拟订妇幼卫生和提高出生人口素质工作的发展规划、政策措施和技术标准，监督母婴保健专项技术的实施；牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作；建立以公益性为核心的公立医院监督制度。
（七）农村与社区卫生处
拟订全市农村卫生和城市社区卫生工作规划、政策措施并组织实施；指导农村卫生服务体系和社区卫生服务体系建设；综合管理农村基本医疗卫生保健和新型农村合作医疗工作；指导城市基层卫生服务体系改革；负责社区卫生服务机构绩效考核、质量管理及社区全科医生、乡村医生相关管理工作；组织协调城市与农村健康教育与健康促进工作。
（八）药物政策与基本药物制度处
贯彻执行国家基本药物制度和国家药物政策，组织实施药品法典和国家基本药物目录；拟订全市基本药物目录，提出全市基本药物价格政策的建议；承担全市二级以上医疗机构药事管理，指导监督区（市）加强基层医疗机构规范合理用药；参与临床药物不良反应监测及有关信息管理工作。
（九）公共卫生监督与疾病控制处（挂行政审批办公室牌子）
指导、规范卫生行政执法工作；组织开展职业卫生、放射卫生、学校卫生、公共场所和饮用水卫生等公共卫生违法行为的查处；拟订疾病预防控制方面的政策并组织实施；拟订全市重大疾病及公共卫生相关疾病的防治规划、全市免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施，完善重大疾病防控体系；承担突发公共事件的疾病预防控制工作；承担法定报告传染病疫情信息的有关工作；拟订健康教育与健康促进行动规划、政策并协调实施；承担市卫生防病暨防治艾滋病工作委员会办公室的日常工作；统一承担本部门行政许可和非行政许可审批事项的办理工作。
（十）科教外事处
拟订全市医学科技、卫生教育发展规划；指导全市卫生科研工作，组织开展医学科技攻关，指导医学科技成果的推广应用；负责全市医疗卫生科研机构、重点学科、特色专科的建设；指导直属中等卫生学校教育和卫生专业技术人才培训工作；组织开展全市卫生系统对外援助和技术交流与合作。
（十一）中医处（挂市中医管理局牌子）
拟订全市中医事业（含中西医结合、民族医疗）发展规划并组织实施；组织实施国家和省制定的中医机构建设标准、技术标准和管理规范；指导有关中医工作的行政执法和中医科研工作，指导并管理中医医疗机构和医疗技术；继承和发展中医文化、开展中医人才培养、中医师继承教育；指导、管理全市中医、中西医结合及民族医疗保健工作。
（十二）市爱国卫生运动委员会办公室
拟订全市爱国卫生工作的有关政策、规划并组织实施；组织开展全市爱国卫生活动；负责创建和巩固国家卫生城市、病媒生物防治等工作；承担市爱国卫生运动委员会的日常工作。
（十三）市保健委员会办公室
拟订全市干部保健工作规划、政策措施并组织实施；指导全市干部保健工作；负责市保健委员会确定的保健对象的医疗保健工作；承担重要会议、重大接待任务的医疗保健工作；承担市保健委员会的日常工作。
按规定设置纪委（挂监察室、审计处牌子）、机关党委（挂宣传处牌子）、工会和团委。
