在对传染病病因的认识方面，对前人的六淫致病说有所突破。书中创造性地提出，宇宙间另有一种“乖戾之气”的物质，可以导致伤寒、时气病、温病等传染病，并引起“转相染易，乃至灭门”。还强调传染病是可以预防的，多次指出“预服药及为方法以防之”。书中认为寄生虫病的发生和饮食卫生有很大关系，明确指出寸白虫(绦虫)系食入生牛肉、鱼肉所致。对漆疮、晕动病等过敏性疾病，已认识到其发病与个体反应性有关，“特由质性自然，非关宿挟病也。”总之，《诸病源候论》对病因的认识在很多方面突破了前人的旧说，这对病因学的发展具有重要意义。