食醋的生产有各种工艺，以传统的固态法工艺为例。
食醋的生产过程大体有三个阶段（或过程），三个阶段中各有不同的微生物群落。
1、糖化阶段。在这一阶段，主要是把原料中的淀粉类物质水解为其他微生物可利用的糖类。与所有其他生物一样，要把淀粉类物质水解为糖，需要淀粉酶和糖化酶。在食醋生产中，是用微生物生长过程中产生的酶来实现的，所用的微生物是霉菌。一般是黑曲霉、黄曲霉，也有用米曲霉或根霉的。不要一看到黄曲霉就想到黄曲霉毒素，在上百种黄曲霉中，能够产生毒素的不过十来种，绝大多数是无害的。而且黄曲霉产生的淀粉酶和糖化酶类量多、活性高，同时还能产蛋白酶。但现在都怕黄曲霉毒素，已经很少用了，用黑曲霉的多，也有几种一起用的。把淀粉类物质水解为糖后，霉菌的任务就完成了，生产转入第二阶段。
2、酒精发酵阶段。在这一阶段，主要是利用酵母菌将淀粉糖化后生成的大部分葡萄糖转化成酒精，为下一步的醋酸发酵提供原料。而且，酵母细胞本身含有丰富的蛋白质及维生素等营养物质，酒精发酵完成后，酵母菌体仍留在醋醅中， 可以为醋酸菌提供生长发育所需要的营养物质，也有利于食醋的酿造。老法制醋是利用空气及各种曲子内存在的酵母， 产品质量没有保证， 现在大多根据实际生产的需要，选择适于在酿醋原料上进行发酵的、发酵力强的、产香符合食醋标准的酵母菌。食醋生产中应用的酵母菌有两大类，一类为酿酒酵母，主要具有酒精发酵作用；另一类是生香酵母，主要作用是生成香味物质。
3、醋酸发酵阶段。顾名思意，这是食醋生产的关键阶段，在这一阶段，是利用醋酸菌，把酵母菌利用糖生成的酒精转变为醋酸。醋酸菌是一类能够利用多种碳源（含碳有机物）产生醋酸，并利用这一过程中释放的能量生存繁殖的杆状细菌的总称。在醋醅中，醋酸菌是利用酵母菌产生的酒精作为碳源的。它是先把酒精（乙醇）氧化为乙醛，再进一步氧化为乙酸（就是醋酸），在氧化过程中，会放出能量。当醋醅中酒精基本转化为醋酸后，酒精没有了，醋酸的量也多到对醋酸菌的生存产生抑制作用了，食醋的生产过程也就基本结束了。剩下的就是把醋“弄”出来，这些就没有微生物的事了。
食醋的生产就是这样。三个阶段各有各的主要微生物种群。但三个阶段的划分也不是绝对的，通常第一和第二阶段是合在一起的，就是边糖化、边发酵，这叫“双边发酵”，在酒精发酵开始后，采取密闭措施，进入无氧环境，霉菌自然就死亡了（霉菌是好氧菌），而酵母菌也只有在无氧条件下，才能产生酒精。醋醅中酒精的积累，也会抑制酵母菌的生存。当醋醅中的可发酵糖基本用完时，酒精积累也到了一定的浓度，酵母菌也难以继续生存了，这时又轮到醋酸菌起作用了。
食醋生产的各个阶段依次进行，微生物种群也在逐次更替。对于各类微生物来说，不过是利用环境中的能量物质，进行本能的生长和繁殖。而对于人类来说，这些微生物在食醋生产的各个阶段各尽所能，在为我们做着贡献。
注：以上原创。