甘肃省交通运输厅设12个内设机构：
（一）办公室
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、政务公开、新闻宣传、政务督查、提案办理、机关财务和资产管理等工作；起草重要报告和综合性文件。
（二）政策法规处
承担交通运输行业重大政策研究和依法行政、法制宣传教育，指导交通运输行业改革工作；拟订相关地方性法规和规章草案，负责规范性文件的合法性审查；指导交通运输行政执法工作，归口管理公路路政、运政、水运和海事执法工作；负责交通行政执法监督检查、行政复议和行政诉讼工作。
（三）综合规划处
编制全省公路、水路综合运输体系的发展规划、中长期计划和年度计划；承担会同与有关部门编制全省民航运输行业发展规划的拟订工作，负责交通运输行业燃油税转移支出初始预算的编制工作并监督实施；负责编制国防交通建设规划、年度计划和建设项目前期工作；负责交通运输行业综合统计、发展预测、经济运行分析、信息引导和交通扶贫的综合管理工作；对国省干线公路养护工作进行监管，指导农村公路网的规划工作。
（四）财务资产管理处
会同有关部门制定交通运输行业财务会计、国有资本、资产及专项资金管理的规章制度办法并监督实施；负责交通运输建设筹融资及资金的使用管理；负责公路车辆通行费等非税收入的征收管理及收支预决算的编制工作；负责厅属行政事业单位财务预算及资金使用的审查报批；负责厅属单位国有资本、国有资产及政府采购的管理工作。
（五）人事劳资处
管理厅直属单位的领导班子；负责厅机关及厅属单位干部人事、机构编制、职称评聘、人才交流、教育培训、劳动工资、社会保障、外事、社团管理及交通系统的智力引进工作；负责交通运输行业专业技术人员职业资格管理工作。
（六）公路管理处
管理交通基础设施建设市场，维护交通行业基本建设市场平等竞争秩序；负责交通基础设施工程质量监督、工程定额、工程招投标、工程造价工作的行业管理；负责全省公路交通基础设施建设项目及大中修工程项目管理，组织和审批初步设计和施工图设计；组织协调省重点交通建设项目的实施和质量管理，组织或参与项目竣工验收。
（七）运输处（出租汽车行业指导办公室）
协调综合运输体系建设，参与拟订综合运输发展方针、政策、规划和标准；拟订并协调交通现代物流业发展规划、有关政策和标准，按规定承担物流市场的管理工作；负责交通运输业经济运行分析和信息引导；负责全省道路、水路、民航运输市场监督管理工作，指导城乡客货运输、出租车行业管理、城市交通和轨道交通运营管理；负责组织道路运输站场、港口、码头、航道、民航机场项目建设管理工作；负责高速公路及重要国省干线路网运行监测和协调，指导高等级公路运营。
（八）安全监督处
贯彻落实安全生产的方针政策、法律法规和规章标准；拟订并监督实施公路、水路安全生产政策和应急预案；指导和组织交通运输行业安全生产和应急处置体系建设；负责道路运输、水路运输和公路水运工程安全生产监督管理工作；负责道路运输源头安全监督管理及民航机场建设、运营安全管理；依法对交通运输行业生产经营单位进行安全生产监督检查。
（九）技术处
指导和管理交通科技工作，拟定行业科技政策、中长期发展规划和年度计划；组织实施重大交通科技项目及科技合作与交流，负责科技成果的鉴定和推广应用；负责交通运输行业信息化建设的综合规划与管理及情报、标准、计量、环保、能源、节能减排、专业技术人员继续教育工作。
（十）审计处
拟定交通运输行业内部审计工作规划、制度和办法，管理、监督和指导内部审计工作；组织开展厅属单位财务收支审计、交通基本建设项目审计、经济效益审计、领导干部经济责任审计及专项审计工作。
（十一）离退休人员工作处
拟定离退休人员工作的办法和制度；负责厅机关离退休人员的管理工作，指导直属单位离退休人员的管理工作。
（十二）交通战备办公室（省国防动员委员会交通战备办公室）
拟订全省国防交通工作的有关规定和保障计划，规划国防交通网络布局，指导有关行业编制交通重点目标保障方案，协调有关部门落实军事需求；组织国防交通建设项目的申报和可行性研究，并负责项目建设管理和交竣工验收；指导国防交通专业保障队伍建设和训练管理，实施应急交通保障；负责民用运力潜力调查和动员征用，制定国防交通物资储备计划并负责管理和调用。
机关党委
负责机关和直属单位的党群工作
