吉尔在和卡洛斯把爱丽丝从底特律的实验室（第二部电影的结尾处）以后，遭到来自联邦调查局的追捕，为了使他人脱身，吉尔独自留在一个旅馆里，结果被捕。
病毒大范围爆发后，美国沦陷，吉尔成功逃出，并在巴尔的摩遇到另外一群幸存者并领导他们寻找安全的避难所。
安琪被艾丽丝射杀，因为艾丽丝那个时候在保护伞公司的控制之下。
内容来自于根据《生化危机3：灭绝》剧本改编的同名电影小说，也有一种说法是电影在拍摄期间扮演吉尔的演员在拍摄《龙骑士》。
以下是小说故事梗概：
保护伞公司有一名居住在拉昆市的博士，在拉昆市大清洗事件的前一天也就是核弹爆炸之前被救出送到拉昆市主入口，他的手在慌乱中被割破，那时大门口已出现一例感染者（吉尔将其射杀），因为病毒同样可以通过空气传播，所以病毒侵入博士的伤口。博士跟着一大群保护伞公司重要研究人员被送往旧金山。几天后，旧金山沦陷，在保护伞公司忙着掩盖拉昆市悲剧的真相时，病毒已经开始蔓延……
拉昆市事件三周后，第七电视台主持人太里泰丽的录像带在网上曝光，尽管保护伞公司已经通过新闻媒体压制住了舆论，但互联网上开始不断出现关于事实真相的报道。这时，不仅仅是保护伞公司，还有联邦调查局都在寻找着艾丽斯一行人。艾丽丝被混入保护伞公司内部的吉尔、卡洛斯从底特律的保护伞研究室里带出。但来自政府与保护伞公司的双重追捕仍在继续，为了使其他人脱身，吉尔决定自己携带录象带，并独自留在一个旅馆里，因而被捕。对吉尔的盘问使得联邦调查员开始怀疑保护伞公司。
同时，在底特律的研究所，艾萨克博士正在进行克隆艾丽丝的计划。在保护伞控制下，艾丽丝射杀了安琪（第二部里博士的女儿），回到自我意识的艾丽丝感觉深深的自责和惶恐，她知道保护伞对她动了手脚，并随时可以追踪到她并控制她，她感到她的存在对大家存在着致命的威胁，所以选择了独自行动，并在暗地里保护卡洛斯他们。艾丽丝潜入保护伞公司实验室，调出了卫星的运动轨迹，所以她采取一系列的措施和逃亡路线来躲避来自卫星的追踪。
病毒大范围爆发，保护伞公司终于知道已经无法控制局面，而此时，短短三个月，病毒侵入白宫政府，美国沦陷。吉尔逃出，在巴尔的摩遇到大群幸存者并自此领导他们寻找安全的避难所。
另一方面，卡洛斯与LJ遇到克莱尔的车队，途中在一家大型商场解救了一名自称“K-Mart”的少女。大部队继续前进，他们唯一能够做的就是一直行走在路上，四处游荡，寻找为数不多的幸存者，因为病毒世界范围的爆发已经让这个世界几乎没有安全的地域，一直在路上也许是活下去的唯一方式……
然后，接第三部电影。
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