西瓜是异花授粉作物，只有通过昆虫等传粉者授粉才能结果。春季遇到低温阴雨天气，大棚内昆虫活动少，花期缺少传粉者，容易导致授粉不畅。因此，温室西瓜需要人工辅助授粉来提高座果率。为了改善人工辅助授粉的效果，提高西瓜的座果率，对西瓜进行人工授粉时应注意以下几个方面。
一、选花。选择同一天开放的雌花和雄花进行授粉。雌花一般选择主蔓上的第二或第三朵雌花授粉，如果主蔓上的雌花异常，则选择侧蔓上的第一或第二朵雌花授粉。授粉时，要区分当天的雄花和第二天的雄花。前一天的雄花虽然含有大量的花粉，但实际上它们的花粉已经失去了活性，所以要选择当天开放的雄花授粉(前一天开放的雄花花瓣是卷曲的)。
二、授粉方法。将当天刚开放的雄花粉连同花柄一起摘下，将花瓣翻出来或剥掉，露出雄蕊，轻抹均匀花粉，擦拭雌花柱头，使柱头上布满花粉。
三、授粉时间。选择上午7 ~ 9点进行人工授粉，时间过早，花药尚未开裂，花上无花粉或花粉少，授粉质量低。时间过晚，棚内温度升高，花粉活性降低，降低授粉受精率。
四、授粉均匀。每个花粉管只能通向其对应的子房和胚珠，一个花粉只能使一粒种子受精。如果授粉偏向一边，发育的种子偏向一边，就会形成畸形瓜。因此，一朵雄花可以给两朵雌花授粉，花粉充足，雌花座瓜率高，果实品质好。如果一朵雄花连续给几朵雌花授粉，就会造成花粉不足，授粉不足容易导致西瓜头偏位。
五、温度控制。授粉时严格要求棚内温度，白天最好不超过30℃，晚上不低于18℃，更有利于西瓜开花、散粉、授粉、坐瓜，提高坐瓜率，减少畸形瓜。如果早上和中午棚内温度达到35℃，就要及时通风，降低棚内温度。
六、小心点。授粉后在花柄上挂不同颜色的卡片或毛线做标记，可以避免遗漏和重复。该标记也可用作收割时的参考。不要踩在瓜藤的生长点上，损伤叶子。授粉后不要马上喷，以免影响授粉质量，造成熔瓜等问题。在低温弱光条件下，雄花基本无花粉，可以用植物生长调节剂处理雌花坐果。