法律分析：公民对红头文件的合法性有异议时，可以提起行政诉讼，由法院审理文件的合法性，如果不合法的，法院可以要求发布文件的机关作出修改或者废除。
法律依据：《最高人民法院关于适用《中华人民共和国行政诉讼法》的解释》
第一百四十五条 公民、法人或者其他组织在对行政行为提起诉讼时一并请求对所依据的规范性文件审查的，由行政行为案件管辖法院一并审查。
第一百四十六条 公民、法人或者其他组织请求人民法院一并审查行政诉讼法第五十三条规定的规范性文件，应当在第一审开庭审理前提出有正当理由的，也可以在法庭调查中提出。