补充耕地指标是国家实行占用耕地补偿制度。非农业建设经批准占用耕地的，按照“占多少，垦多少”的原则，由占用耕地的单位负责开垦与所占用耕地的数量和质量相当的耕地；没有条件开垦或者开垦的耕地不符合要求的，应当按照省、自治区、直辖市的规定缴纳耕地开垦费，专款用于开垦新的耕地。
非法占有耕地罪的立案标准如下：
1、非法占用基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上的；
2、非法占用防护林地或者特种用途林地数量单种或者合计五亩以上的；
3、非法占用其他林地十亩以上的；
4、非法占用本款第（二）项、第（三）项规定的林地，其中一项数量达到相应规定的数量标准的百分之五十以上，且两项数量合计达到该项规定的数量标准的；
5、非法占用其他农用地数量较大的情形。
【法律依据】：《中华人民共和国土地管理法》第三十三条
国家实行永久基本农田保护制度。下列耕地应当根据土地利用总体规划划为永久基本农田，实行严格保护：
（一）经国务院农业农村主管部门或者县级以上地方人民政府批准确定的粮、棉、油、糖等重要农产品生产基地内的耕地；
（二）有良好的水利与水土保持设施的耕地，正在实施改造计划以及可以改造的中、低产田和已建成的高标准农田；
（三）蔬菜生产基地；
（四）农业科研、教学试验田；
（五）国务院规定应当划为永久基本农田的其他耕地。
各省、自治区、直辖市划定的永久基本农田一般应当占本行政区域内耕地的百分之八十以上，具体比例由国务院根据各省、自治区、直辖市耕地实际情况规定。
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