崇祯皇帝死后,位于南京的明朝备用领导班子立即开始运转起来。福王朱由崧即位,成为南明的第一任皇帝。
当时南明的主要军事力量有坐镇武昌的左良玉军队和“江北四镇”。其中仅左良玉就拥兵达八十万,“江北四镇”也各自拥兵数十万。虽然兵员鱼龙混杂,不过在人数上,确实足以碾压清军和李自成的大顺军。
不过,虽然南明政权在名义上拥有超过百万大军。但实际上,无论是左良玉还是“江北四镇”的军阀,都早已拥兵自重,不听从中央调遣了。
1645年,清军南下。“江北四镇”中,除了黄得功率军抵抗外,其余“三镇”都不战而降。而黄得功在和清军交战中,被一箭射穿喉咙。知道大势已去的黄得功挥刀自尽。其部下田雄带着军队向清军投降。
而左良玉则打着“亲君侧”的旗号,起兵造反。但不久之后因病情严重而身亡。其子左梦庚率领全军投降了满清。
至此,南明的百万大军,在几乎没怎么抵抗的情况下,就全部改弦易辙,向满清投降。而南明的弘光政权也只存在了短短的一年时间,就被清军灭亡。弘光皇帝逃往芜湖后被清军俘获,后押往北京被处死。从骆养性就可以看出,明朝末年,锦衣卫对皇帝已经不再是忠心耿耿,而是各怀鬼胎,明朝灭亡后,大部分锦衣卫投降满清,还有一小部分逃到了南方,投靠了南明,但1662年南明永历帝被处死,锦衣卫彻底退出历史舞台。