董仲舒的儒学思想围绕着“封建大一统”这一时代的主题展开。他继承孔子“君君，臣臣，父父，子子”的正名思想，进一步提出君权至上说。他认为，“君人者，国之本也”，“以民随君，以君随天”是春秋之法的根本宗旨。在天、君、民这三个环节中，君处于核心的位置。君主受命于天，“立于生杀之位，与天共持变化之势”，肩负着教化万民的职责。从这种君权神授的思想出发，董仲舒提出三纲五常观念。三纲是君为臣纲、父为子纲、夫为妻纲；五常是仁、义、礼、智、信。他指出：“王道之三纲可求于天。”“夫仁、谊、礼、知、信五常之道，王者所当修饬也。”董仲舒提出的三纲五常，集中体现出儒家政治与伦理紧密结合的思想特征，成为后世儒家共同的信条。
董仲舒在继承孔子正名思想的同时，也继承了孟子的民本思想。他一方面主张尊君，另一方面也强调重民。他假借天的名义阐发这一观点：“天之生民，非为王也，而天立王以为民也。故其德足以安乐民者，天予之；其恶足以贼害民者，天夺之。”在他看来，天意也就是民意，君主要维护自己的统治，要顺从天意，体察民意，以民为政权的根基。君主若不能使民众得到安乐，便动摇了根基，失去为君的资格。从这种重民的思想出发，他提出“限民名田，以赡不足，塞兼并之路”、“薄赋敛，省繇役，以宽民力”等主张。董仲舒是最早注意到土地兼并的危害性的儒家学者，他主张限制地方豪强势力，维护中央政权，保障人民最起码的生存条件，这对于封建社会的巩固和发展有积极意义。